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尽管霰弹枪脂组学可以满足与样品脂质分析相关的许多需求，但一些工作流程确实需要在质谱分析之前进行色谱分离。例如，等压脂质只有在进入质谱仪之前以某种方式分离后才能定量。在这种情况下，我们会选择一种适合分离您感兴趣的脂质的色谱柱，并使用配备不同质谱系统的超高效气相/液相色谱分析脂质组学。
图一:GC/LC-MS脂质组学(Creative Proteomics)的工作流程
气相色谱(GC)由于其在低温下高效分离挥发性化合物而不发生热分解，因此具有一定的应用前景，是分析脂肪酸和胆固醇的最合适方法。由于通过气相色谱柱转移高分子量的脂质需要高达300°C的温度，因此该方法不适用于多不饱和、酰基取代的脂质或完整的大脂质，如甘油三酯。即使在脂质通过质谱仪之前，升高的温度也会增加气相色谱柱中脂质热分解的风险。GC-MS的另一个限制是脂肪酸在GC-MS测量之前需要衍生化，因为脂肪酸不能以其天然形式蒸发。
相比之下，液相色谱法(LC)普遍适用于所有脂类，包括挥发性和非挥发性。LC方法具有较高的分离效率和选择性，是脂质组学中最常用的分离方法。流动相和固定相的广泛选择导致了对不同脂类的高选择性和高分辨率。
与气相色谱相比，HPLC等LC方法可以处理所有种类的天然脂类，而不需要衍生化和纯化。HPLC的主要缺点是成本高，因为获取成本高，流动相量大，并且LC柱需要预算。
在TOF质谱仪中，离子被加速到相同的高动能(Ek)，因此不同m/z的离子具有不同的速度(v)。根据离子在高真空条件下通过固定长度(L)管的飞行时间(t)推导出离子的m/z值。TOF和混合TOF仪器，如离子迁移率-TOF、TOF-TOF、q-TOF和QIT-TOF，都已用于脂质分析。
轨道阱是离子阱系列质量分析仪的新成员。它由轴向主轴状中心电极和同轴桶状外电极组成。被捕获的离子沿着中心电极进行旋转和谐波振荡。捕获离子的m/z值与它们沿中心轴的谐波振荡频率有关。质量分析是通过测量由离子运动引起的外电极的图像电流，并使用快速傅里叶变换将时域信号转换为质谱来进行的。轨道rap质谱仪提供高质量精度和分辨率。混合LIT-orbitrap仪器已被用于高质量的脂质组鉴定和定量。
三重四极杆质谱仪在脂质组学研究中的优势包括能够进行前体离子扫描和中性损失扫描，以及使用多反应监测(MRM)模式提供高精度和准确性的定量分析的无与伦比的能力。这些特性适用于各种脂类的分析。
参考:
鲍·哈利勒，马隆。等．脂质组学时代:成就与挑战。质谱分析综述．2010, 29(6): 877-929。