人类胃肠道微生物群是地球上最复杂的生态系统之一。我们现在已经达成共识,自我们出生以来,细菌微生物群落已经建立,并随着时间的推移演变成“成人样”的细菌群落。DNA和RNA病毒,包括真核病毒、内源性逆转录病毒、细菌病毒和古细菌病毒,构成肠道病毒群的数量比细菌细胞多出10:1。尽管它占主导地位,我们对肠道病毒群落的了解相对不足,无论是获取还是进化。
考虑到病毒仅在活细胞内复制,很明显,不应孤立地研究生物。人体肠道生物包括一种不同的病毒,可感染自己的细胞以及其他共生生物,在稳态调控和疾病进展中起重要作用,直接或间接影响我们的福祉。
图1.肠道病毒在人类中的多样性和稳定性。(2019年Shkoporov)
由于缺乏通用的标记物,在大数据集中识别病毒群信息比在细胞中识别病毒群信息更具挑战性,而在细胞中识别病毒群信息更容易通过在参考数据库中搜索同源序列获得。与细胞生物的测序相比,病毒颗粒的富集和纯化需要额外的样品制备程序,包括过滤、超离心、核酸酶处理、多重置换扩增(MDA)、连接子扩增散弹文库(LASL)和随机PCR方法。随着高通量和深度测序技术的进步,我们能够表征病毒群的丰富度和稳定性,基因功能,以及与疾病表型的关联,这也有助于理解病毒群的丰富度和病毒在复杂微生物群落中发挥的作用。
样本要求
样本类型 | 浓度 | 最低金额 |
DNA / cDNA | 最小50 ng /μl | 3μg. |
数据分析
◆运营分类单位(OTU)烧结
◆分类作业
◆丰富台施工
◆组成数据分析(CODA)
◆多样性分析
◆主坐标分析(PCOA)
◆多元微分丰度检验
◆数据注释
◆其他分析
我们的优势
◆所有类型的病毒(SSDNA病毒,DSDNA病毒,SSRNA病毒,DS RNA病毒,逆转录病毒,等等)
◆高度敏感和准确
◆读取范围宽
◆经济高效,快速的周转时间
◆生物信息学支持
◆专业从事肠道微生物群分析
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参考
1.Shkoporov一个;等等。人体肠道生物是高度多样化的,稳定的和个体特异性。细胞主机和微生物。2019,26(4)。
*仅供研究使用。不适用于诊断程序。