蛋白质是生活活动功能的表演者。蛋白质组学研究整体水平的细胞内蛋白质和蛋白质蛋白质相互作用的组成和活性模式。代谢组学通过定性描述和定量表征不同生物学基质中小分子代谢物的变化，探讨了生物体中与细胞代谢有关的关键科学问题。代谢组学不仅可以用作表型态的描绘者，而且还可以作为功能调节的活性代谢物，可以调节蛋白质 - 蛋白质相互作用，改变酶活性，导致蛋白质稳定性的变化，从而反馈以调节生物体的代谢状态。
综合蛋白质组学和代谢组学分析是指对蛋白质组和代谢组的大量数据的归一化和统计分析。结合代谢途径富集和相关分析，构建了下游代谢物变化和代谢酶调节机制的分子模型，从而为随后的深入实验和分析提供了数据库。蛋白质组学和代谢组分析的组合可以系统地描述生物生物的代谢调节网络。
创意蛋白质组学已建立了一个用于蛋白质组学和代谢组分析的平台，该平台可以通过比较蛋白质或代谢物表达的差异来筛选关键代谢酶（蛋白质）和代谢物和代谢途径。同时，对两组的分析结果也可以进行交叉验证，这有助于更加系统地，全面地研究生理和病理过程的调节机制，并发现新的生物标志物，etc。
| 样本类型 | Proteomics | 代谢组学 |
| Plant tissue | Fresh weight ≥1g | 建议3G，最低1克 |
| 动物组织 | ≥200mg | 推荐200毫克，至少50mg |
| 血浆/血清 | ≥20 uL | ≥20 uL |
| Cell | ≥5×106or cell precipitation not less than 50μL | ≥5×106或细胞沉淀不少于50μl |
| Analysis Type | Analyze Content |
| KEGG代谢途径分析 | 桶G pathway visualization, comparative pathway analysis, enrichment analysis |
| Correlation analysis | Correlation coefficient matrix heat map. Correlation analysis hierarchical clustering heat map. Correlation coefficient regulatory network analysis |
| PCA比较分析 | 比较蛋白质组学和代谢组PCA分析 |
| 多元统计集成分析 | O2PLS correlation analysis. Screening of OPLS correlation variables. |
| WGCNA analysis | 加权基因共表达网络分析 |
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