蛋白质组学的目的是完全确定和量化整个蛋白样品，我们感兴趣的是，和质谱是最流行的方法来研究蛋白质组学之一。目前，使用许多不同的方法今天采集数据的质谱仪。数据相关型采集（DDA）模式，也被称为信息关联采集模式（IDA），是数据收集的在串联质谱法的模式。备选toDDA是DIA这是“数据独立采集”的缩写形式。在DDA模式，在一定的质量范围内的所有的肽片段化在串联质谱法。
在DDA模式中，质谱仪在串联质谱法的第一阶段中选择最强烈的肽离子，然后在串联质谱法的第二阶段分段并分析它们。否则，在对每个循环的DIA模式中，仪器侧重于前体的窄质量窗口，并从该窗口内检测到的所有前体获取MS / MSDATA。然后，该质量窗口跨越整个质量范围，系统地从每一个质量和所有检测到的前体收集MS / MS数据。
以生成DIA数据的最常见的方法被称为SWATH（全理论碎片离子的SequentialWindowed获取），其中，所述质谱仪分裂的质量范围为小质量窗。在SWATH，AMASS分析器盖400-1200 M / Z作为整个质量范围，并用由前体获取窗2-4seconds周期时间质谱仪步骤。在每个循环期间，质谱仪因而片段的所有前体从四极隔离窗口（如475 - 25个大窗户500米/ z）和在该隔离窗口中选择所有的前体的一个完整的，高精确度的片段离子谱被记录。相同的前体隔离窗口被分段遍地在整个色谱分离在每个周期，从而提供了所有的肽前体的碎片离子的时间分辨记录该洗脱的色谱法。因此被确定性地记录在用户定义的质量的母质量范围和色谱分离高度复片段离子的地图的SWATH MS数据组成。
这让干扰化合物的机会的原因是非常低的，没有必要事先知道会被量化，使小水大。SWATH不仅可用于识别也为量化。而定量是相当的，后者被认为是通过质谱分析的金标准定量MRM。在复杂的混合物在一个大的动态范围和重现的方式识别和量化样品的能力使得有可能被施加到比较调查研究。
仍有一些问题要解决。例如，应用于DIA分析的新软件工具需要处理一些问题，例如如何正确过滤误报和假否定以及复杂光谱的解构。然而，未来的前景是积极的，各种研究人员正在研究新的生物信息学技术，以解决这些问题，并增加可生产的可生产，保真度和识别宽度。
参考
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