质谱法在蛋白质鉴定和其他实验中起着重要的作用。但是，目前的应用还不是特别广泛。在这里，我们收集了一些质谱鉴定常见的问题，希望能对大家更好的了解有所帮助:
主质谱仪和次级质谱仪有什么区别?如何选择合适的呢?
答:质谱鉴定的主要手段主要是指多肽质量指纹图谱(PMF)，即应用质谱法准确测定酶促片段的分子量，比对文库进行蛋白质鉴定，鉴定多肽的序列，并结合PMF结果实现蛋白质的鉴定。二级质谱法可获得部分肽的短序列，可靠性较高。随着当前期刊对数据要求的日益严格，二次质谱鉴定是蛋白质鉴定的主要趋势，即使目前进行质谱鉴定，也有必要选择一些PMF结果进行二次质谱验证。
问题2:如果被研究的物种不是模式生物，应该怎么做?
答:成功的蛋白质鉴定可以通过参考最接近的遗传关系模式生物来实现。如果质谱图很好，但没有鉴定结果，则表明这可能是一种全新的蛋白质。De-novo等技术可用于深入分析和鉴定。
Q3:如何评估质谱分析的有效性?
答:一般认为PMF评分大于60分(P<0.05)为成功。对于串联质谱法，分数超过60分或虽然不超过60分，但至少有一个分数超过30分的肽将被成功识别。
Q4:一些特殊的质谱分析方法有什么用途?
答:质谱法的其他用途包括磷酸化位点分析、蛋白质测序、混合蛋白质鉴定(霰弹枪技术)、精确测定分子量、二硫键位置分析等。
Q5:哪种染色方法比较好?
答:考马斯亮蓝染色为佳。银染色也可接受，但鉴定成功率略低，采用串联质谱法对银染色蛋白进行鉴定可大大提高鉴定成功率。
Q6:凝胶能长期保存吗?如何保养?会影响识别效果吗?
A:如果凝胶保存超过一个月，应该用保鲜膜包起来，放在冰箱里保存。如果时间小于一个月，可以在室温下保存，不影响质谱分析。
Q7:如何取质谱凝胶点?有预防措施吗?
答:取点时，剪去0.2ml针尖的尖端，用移液管尖端取出凝胶，转移到0.5ml离心管中。用清水冲洗两到三次，然后吸干试管。保持所有防潮密封，并做好标记。对于离心管，最好选择进口离心管，避免塑料污染。最好使用去离子水或二次蒸馏水。带上口罩和手套，防止角蛋白被污染。
问题8:凝胶可以长期储存吗?如何储存和运输?
答:蛋白质凝胶可以储存很长一段时间而不影响质谱鉴定。一般来说，如果是在一周或两周内，最好用保鲜膜包起来，存放在4度的冰箱里。如果保存时间超过一个月，可以将蛋白斑点去除，放入-20℃或-80℃的冰箱中，不影响后续的质谱鉴定。运输胶点时，常温下即可运输，三到五天内不会有太大的影响。
Q9:如何选择一级质谱法和二级质谱法?
答:主要的质谱鉴定方法通常被称为肽质量指纹(PMF)。二次质谱鉴定方法通常被称为串联质谱法。早期蛋白质鉴定，考虑到成本，测序生物的蛋白质鉴定一般可以用一级质谱完成，而非测序生物往往选择二级质谱。但现在，二次质谱仪的价格也大大降低，与主质谱仪相差不大，可靠性和鉴定成功率都大大提高。
Q10:质谱法的一般流程是什么?公司可以提供哪些数据?
答:质谱鉴定主要包括三个步骤:蛋白质水解、质谱数据采集和文库检索。对于每个蛋白点的鉴定，一般提供三种类型的数据，包括:质谱图(PDF格式，包括1条主质谱和5-10条次质谱)、质谱峰表(文本格式，主要是一些MS片段的信息)和搜索结果(一般PDF格式或excel格式，自建库进行本地化搜索;为吉祥物在线搜索提供的一般网页格式)。
Q11:影响质谱分析结果的一般因素是什么?
答:不成功的质谱鉴定主要分为两类。一个原因是质谱法效果不佳，另一个原因是蛋白质数据库没有参考数据。导致质谱分析结果不成功的原因可细分为:(1)蛋白质斑点太轻，蛋白质含量太低;(2)蛋白斑过小，不利于操作;(3)虽然通过双向电泳分离，但该点是几种蛋白质的混合物;(4)蛋白水解和质谱误差。
为了避免这些因素，有必要采取较暗的蛋白质斑点，并且蛋白质斑点面积需要适当大一些(对于一些很小但非常清晰的蛋白质斑点，应选择直径较大的样品尖端。如果边缘上的空白被正确地捡起并不重要)。避免点混合蛋白斑点和处理丰富的经验，酶消化和质谱。没有参考数据库导致的鉴定结果不佳的问题可以通过替换较大的数据库，取EST数据库，以单个物种的蛋白质数据库为基础建立局部质谱数据库来解决。
Q12:串联质谱法和质谱测序法有什么区别?
答:质谱鉴定通常使用软件自动匹配现有数据库以获得结果。而质谱测序则需要根据质谱图中相邻或相似峰的分子量差异直接计算肽序列。
Q13:未知蛋白是用质谱还是用蛋白测序仪测序?
答:更简单的方法是质谱法，而且成本不贵。如果质谱法无法确定，也可以结合n端测序。这两种数据结合分析基本可以确定目标蛋白。
以上提到的都是你在使用质谱法时可能遇到的一些问题。我们将继续为您提供更多相关和有用的信息。
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