质谱在蛋白质鉴定和其他实验中起着重要作用。但是，目前的应用程序并不是特别广泛。在这里，我们为大众化谱识别提供了一些常见问题，希望您能够更好地理解它会有所帮助：
初级质谱仪和次级质谱仪的区别是什么?如何选择合适的呢?
A：质谱鉴定的主要方法主要是指肽质量指纹（PMF），即质谱法施加以精确地测量酶碎片的分子量，并比较文库鉴定蛋白质的鉴定鉴定肽的序列，并将PMF的结果组合以达到蛋白质的鉴定。二次质谱可以获得具有更高可靠性的部分肽的短序列。随着当前轴颈的数据要求的严格程度越来越大，二次质谱鉴定是蛋白质识别的主要趋势，即使目前进行质谱识别，也是如此选择辅助质谱验证的一些PMF结果。
Q2：如果所研究的物种不是模型生物，应该做什么？
答：通过参考遗传关系最近的模型生物可以实现蛋白质的成功鉴定。如果质谱图很大但没有鉴定结果，它表明这可能是BEA全新的蛋白质。De-Novo和其他技术可用于深入分析和识别。
Q3:如何评价质谱法的有效性?
答:一般认为PMF评分大于60分(P<0.05)为成功。对于串联质谱，得分超过60分或即使不超过60分，至少有一个得分超过30分的肽将被成功识别。
Q4：一些特殊质谱法的用途是什么？
答:质谱的其他用途包括磷酸化位点分析、蛋白测序、混合蛋白鉴定(散弹枪技术)、准确测定分子量、二硫键位置分析等。
Q5:哪种染色方法比较好?
答:考马斯亮蓝染色为佳。银染色也可以，但鉴定成功率略低，使用串联质谱法鉴定银染色蛋白可大大提高鉴定成功率。
Q6:凝胶能长期保存吗?如何维护?会影响识别效果吗?
答：如果保持凝胶超过一个月，应用保鲜膜包裹并保存在冰箱中。如果时间不到一个月，可以在室温下保持，而不会影响质谱。
Q7:质谱的凝胶点如何取?有预防措施吗?
A:取点时，将0.2ml尖端剪断，用移液管尖端除去凝胶，转移到0.5ml离心管中。用清水冲洗珠子两到三次，然后把管子吸干。保持所有的防潮密封，并做好标记。对于离心管，最好选用进口离心管，避免塑料污染。最好使用去离子水或双蒸馏水。带口罩和手套，防止角蛋白污染。
Q8:凝胶能长期保存吗?如何储存和运输?
答：可以长时间储存蛋白质凝胶，而不影响质谱鉴定。一般来说，如果它在一两天内，最好将其包裹在保鲜膜中并将其存放在4学位的冰箱中。如果储存时间超过一个月，可以将蛋白质斑点除去并置于-20℃或-80℃度的冰箱中，而不影响随后的质谱鉴定。运输胶点时，它可以在常温下运输，并且在三到五天内不会产生很大的影响。
Q9:如何选择一级质谱和二级质谱?
答:初级质谱鉴定方法通常被称为肽质量指纹(PMF)。二级质谱鉴定方法通常称为串联质谱法。早期蛋白质鉴定，考虑到成本，用于生物测序的蛋白质鉴定一般可以使用初级质谱仪，而非测序的生物通常选择二级质谱仪。而现在，二次质谱计的价格也大大降低，与一次质谱计没有太大区别，可靠性和鉴定成功率都有了很大的提高。
Q10：质谱法的一般过程，以及公司可以提供哪些数据？
答：质谱识别主要包括三个步骤：蛋白水解，质谱数据采集和库搜索。对于鉴定每个蛋白质点，通常提供三种类型的数据，包括：质谱图（PDF格式，包括1件原色频谱和5-10件次要质谱），质谱峰值列表（主要是文本格式，主要是一些MS片段的信息）和搜索结果（用于本地化搜索的自动库的一般PDF格式或Excel格式;用于吉祥物在线搜索的一般网页格式）。
Q11:影响质谱分析结果的一般因素有哪些?
答：不成功的质谱识别可以主要分为两类。一个原因是质谱法没有有效，另一个是没有参考数据的蛋白质数据库。将导致不成功的质谱结果的原因可以细分如下：（1）蛋白质斑点是如此轻，即蛋白质含量太低;（2）蛋白质斑点太小，不利于操作;（3）尽管用二维电泳分开，但点是几种蛋白质的混合物;（4）蛋白水解和质谱误差。
为了避免这些因素，有必要取较暗的蛋白质斑点，蛋白质斑点面积需要适当增大(对于一些很小但非常清晰的蛋白质斑点，样品的尖端应选用大孔径的。边缘的空白是否被正确地拾取并不重要)。避免点混蛋白斑点，在酶解和质谱方面有丰富的经验。可以通过替换较大的数据库，采用EST数据库，建立基于单一物种蛋白质数据库的本地质谱数据库来解决由于没有参考数据库而导致的鉴定结果差的问题。
串联质谱和质谱测序有什么区别?
答:质谱鉴定通常使用软件自动匹配现有数据库以获得结果。而质谱测序则需要根据质谱图中相邻或相似峰的分子量差异直接计算出肽序列。
Q13:未知蛋白是否通过质谱或蛋白测序仪进行测序?
A:比较简单的方法是质谱法，而且成本也不贵。如果质谱法不能确定，也可以结合n端测序。这两种数据的结合分析可以基本确定目标蛋白。
以上这些都是使用质谱时可能遇到的问题。我们将继续为您提供更多相关和有用的信息。
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