创意蛋白质组学博客

总结

我们都知道J Express是非常强大的，我们想要做的统计是相对基础的蛋白质阵列数据分析。但这对每个人来说都不是很容易。下面是用J Express帮助您分析蛋白质阵列数据的方法。

身体

题：

当您正在进行使用荧光荧光使用蛋白质阵列进行免疫球蛋白结合的研究。在实验期间，使用PBST的控制载玻片和与血清一起孵育的样品载玻片。为了确保每个幻灯片具有数据，因此您正在使用2个幻灯片。当您运行实验时，使用具有不同荧光标记的2个二次抗体。作为一些蛋白质自动荧光，能够从样品中减去对照是非常重要的。

那么问题来了，你如何完成这个实验与J快递?你还有其他的软件可以用吗?或者我们需要将它们转换为公共分隔文件吗?

这个问题的答案

首先，您应该首先通过选择“文件” - >“加载原始数据”将数据导入J Express。将两个GPR文件拖放到“实验设计表”中。

其次，您必须选择通道1和通道2（F635nm和F532nm-B532nm）将“组合阵列复制”设置为“否”，并确保将“结果数据”设置为“无”。

您应该选择一个数组（单击数组图标），然后单击“进程”选项卡。如果需要，您必须添加适当的过滤器（用于控件等）和归一化。然后，您可以通过单击“复制到所有”按钮将流程复制到两个数组。单击“编译”以创建表达式矩阵，您现在应该得到4列数据集。然后，您可以从菜单“数据集”中选择数据集并打开脚本窗口（选择Python脚本窗口）。

然后有一个脚本可以在论坛上找到：http：//molmineus.com/forum/index.php?topic=60.msg132#msg132.it对您来说非常方便。您可以刚刚将所有脚本代码复制到空脚本窗口中，浏览脚本，查看评论..验证脚本是否应该是什么。然后您可以单击“执行”按钮。如果这是正确的，可以获得您想要的结果。并且您还可以设置重要性的阈值取决于样本大小，技术和生物重复等的大量因素等。在这个问题上有很多论文对于阵列，有些论文可能也适用于您的蛋白质阵列。

实际上，如果您已正确完成这些步骤，则可以在没有失败的情况下获得结果。但表达式的巨大差异（特别是对于更强烈的斑点）正在影响方差和标准误差。

然后，呈现此数据的最佳方法是复制您感兴趣的蛋白质的标识符并将其粘贴到J-Express中搜索和排序窗口的搜索字段。这样，您可以创建一系列蛋白质进行进一步的工作。如果您在Spotpix套件窗口中添加了JPG-Images（加载GPR文件的位置），可以从DataSet菜单中单击视图图像点，并查看与所选蛋白质对应的实际斑点。查看学习部分中的两个教程文档，了解如何执行此操作。

如果可以使用脚本功能，有许多图表可用。与J-Express一起使用Excel是您分析的良好方法。J-Express中存在的大多数功能用于简化的MiroArray分析，具有生物和技术（阵列）复制，但大部分预处理和选择功能应该适合您所拥有的数据。