De novo是拉丁语，意思是“再一次”或“重新”。新肽测序是一种不事先知道氨基酸序列的肽测序方法。该方法可以在不建立蛋白质数据库的情况下获得肽序列，克服了肽质量指纹图谱等依赖数据库的方法的局限性。它使用计算方法直接从实验的MS/MS谱推断肽的序列。它可以用于未测序的生物体、抗体、翻译后修饰的多肽和内源性多肽。
在该方法中，肽沿肽骨架破碎，并测量所得的片段离子以产生光谱。有3种方法可以破坏粘结以形成肽片段：烷基羰基（CHR-CO），肽酰胺键（CO-NH）和氨基烷基键（NH-CHR）。因此，它可以形成6种类型的碎片离子，包括纳入为A，B或C的N-末端带电的片段离子，以及被归类为X，Y或Z的C末端带电的离子离子。并且因为肽酰胺骨（CO-NH）是最脆弱的，在低能量碰撞中观察到的最常见的肽片段是A，B和Y离子。de novo方法使用MS中使用的碎片方法的知识。CID，碰撞诱导的解离，也称为牢固活化的解离，是最常见的碎裂形式。在该方法中，离子可以获得高动能并与中性分子碰撞。将一些动能转化为内部能量，导致粘合断裂和分子的碎片成较小的片段。该方法导致来自前体离子的B和Y系离子。电子捕获解离（ECD）和电子转移解离（ETD）已在最近的质谱仪中实现。 In these methods, Ions are fragmented after reaction with electrons. After fragmentation, it forms c and z type ions through cleavage of the peptide bond between the amino group and alpha carbon.
质量通常可以唯一地确定残留物。De Novo测序的主要原理是使用两个片段离子之间的质量差来计算肽骨架上的氨基酸残基的质量。例如，下图中的Y7和Y6离子之间的质量差等于101，即残余物T的质量。因此，如果可以识别光谱中的Y离子或B离子系列，则可以确定肽序列。然而，从质谱仪获得的光谱不讲述峰的离子类型，这需要专家或计算机算法来弄清楚。有用于De Novo测序的软件包夫妇，例如峰，Lutefisk，Pepnovo，Sherenga等。但是您必须介意一些笔记。含有氨基酸残基R，K，Q和N的Y和B离子片段可能出现氨（-17）。含有氨基酸残基S，T和E的Y和B离子片段可能似乎失去水（-18）。
从头测序可以识别之前未知的肽序列。此外，它还可以通过基于同源性的软件搜索翻译后修饰或识别突变。然而，从头测序将不能推导出一个完整的序列或将对推导出的序列的一部分有不确定性。有时很难确定序列的方向。低质量精度片段离子测量无法区分赖氨酸和谷氨酰胺(相差0.036 Da)，苯丙氨酸和氧化蛋氨酸(相差0.033 Da)。
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参考文献
1. Coon J J.碰撞或电子？21世纪蛋白质序列分析。2009年。
2.王志强，王志强，王志强，等。基因组测序与同源性研究。分子与细胞蛋白质组学，2012,11(2):O111。014902.