的基本原理iTRAQ定量蛋白分析应用标记肽与共价键的iTRAQ试剂在末端氨基和赖氨酸侧。通过高效液相色谱、一级质谱和二级质谱分离，可以对样品中的蛋白质进行表征和相对定量。
iTRAQ分析适用于广泛的样品来源，几乎任何收集的样品都可以使用该技术在蛋白质组学研究中进行筛选。无论是功能蛋白的寻找、机制探索，还是疾病生物标志物的筛选，iTRAQ定量蛋白质组学都能以最便捷的方式将样品转化为研究结果。
从理论上讲,iTRAQ化验每个样品至少需要300 μg的蛋白质才能达到通常小于100%的实验成功率。因此，理想情况下，每个实验制备的蛋白质量应足以进行两个独立的实验。此外，收集的样本可能并不总能满足调查的需要。因此，需要更多地考虑选择的样本和如何充分地处理它们。
样本种类繁多，包括组织、细胞、血液(血清或血浆)、脑脊液、尿液、骨骼、关节滑液等，不同样本的采集方法也不同。一般来说，需要满足以下几点:
代表性样本:样品的代表性直接关系到检测结果的科学意义;因此，需要根据实验目的仔细选择抽样方案。实验样品和对照品之间不应有污染。如果有，实验组和对照组的样品应在取样时间、地点和处理条件方面保持一致。否则，可能会影响实验结果的整体可信度。体液样本需要通过逐步离心(或膜)去除干扰因素，包括但不限于细胞、细胞碎片和细菌。不同样品来源的蛋白质组是不同的，甚至同一组织样品的不同细胞也可以有显著的差异;因此，量化两个可能不相关的样本是不可比较的。因此，在设计制备样品的实验时，考虑单变量原理在生物学实验中是很重要的。
样本的准确性:各种代表性样品的数据必须准确记录。所有样品必须按要求(低温和即时)采集、制备、储存和运输，从而根据实验设计获得最终数据。
样品时间在各类检测实验中，样品质量是影响实验结果的关键因素。用于研究的样品应立即收集、准备、储存和运输，以尽量减少用于实验的样品收集时间。应特别注意容易降解的样品，如胰腺;以及易受微生物污染的样品，如尿液。
低温处理:样品采集、标记、记录后，应立即在液氮中速冻，-80°C保存。不要太相信-80°C的冰箱。一般建议用于蛋白质组学研究的样品保存时间不要超过一年，长期保存的样品在使用前需要进行定性检查以确定稳定性。
建议在采集样品时同时保留和备份样品，以防止部分降解和延迟重新采集。即使所有样品都是合格的，备用样品也可以用于实验的不同方面(如定量验证、蛋白质方面、生化方面等)。