Edman降解蛋白测序

Pehr Edman开发的Edman降解技术可以识别蛋白质或多肽中的氨基酸序列。这种方法可以在不破坏其他氨基酸残基之间肽键的情况下,从n端标记和切割肽。Edman和Beggs于1967年将Edman降解反应自动化。目前,自动化的Edman降解(蛋白质测序仪)被广泛使用,它可以对多达50个氨基酸的多肽进行测序。

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基于苯基异硫氰酸酯与n端残基的游离氨基反应的多肽循环降解,使氨基酸一次被移除一个,并确定为其苯基硫代乙内酯衍生物。在弱碱性条件下,一个不带电的肽与苯基异硫氰酸酯(PITC)在氨基端反应得到苯基硫代氨基甲酸衍生物(ptc -肽)。然后,在酸性条件下,衍生物的硫羰基硫攻击n端氨基酸的羰基碳。第一个氨基酸被裂解为苯胺噻唑啉酮衍生物(atz -氨基酸),剩余的肽可以被分离出来,并接受下一个降解循环。一旦形成,噻唑啉衍生物比苯基硫代氨基苄衍生物更稳定。然后用乙酸乙酯萃取去除ATZ氨基酸,转化为苯基硫代内妥因衍生物(pth -氨基酸)。色谱法可用于鉴定每个循环产生的甲状旁腺素残基。

关于自动编辑劣化,可以通过将溶液施加到TFA过滤器上并加载到Edman测序仪器上来分析蛋白质。混合物中的蛋白质首先用1D或2D凝胶分离,然后将其涂在PVDF膜上。蛋白质由Coomassie蓝色,氨基黑色或痘会S染色和切出的感兴趣的蛋白质检测,并将PVDF膜件加载到Edman测序仪上。

随着质谱分析技术的发展,Edman降解测序的使用开始减少。然而,它仍然是几种蛋白质结构分析应用的方法。它可以用来验证重组蛋白的n端边界或确定蛋白酶抗性结构域的n端,特别是当蛋白或结构域为>40 - 80kda或不易纯化时。也可用于蛋白质片段中新的n端和蛋白水解裂解位点的鉴定。此外,对于一些序列数据库无法用于MS/MS数据库搜索的新蛋白和多肽,可以使用Edman降解进行分析。

可以切掉蛋白质的N-末端氨基酸。因此,在该过程中,因此识别精确的N-末端氨基酸。另外,由于通过色谱法鉴定并定量释放的氨基酸,可以鉴定具有相同分子量的氨基酸。例如,异氨酸和亮氨酸具有113Da的质量,但它们具有不同的保留时间。此外,可以对来自1D和2D凝胶的PVDF印迹进行EDMAN测序,这使得混合物中蛋白质的N-末端测序能够。然而,当N-末端已经化学改性的肽如乙酰化时,Edman降解测序将无法使用。随着PITC不能与非α-氨基酸反应,如果遇到像异己酸一样的非α-氨基酸,则序列将停止。此外,较大的蛋白质不能通过EDMAN测序测序。

在创意蛋白质组,我们的专业蛋白质测序平台提供n末端序列分析通过Edman降解或质谱(MS),两者优势互补。我们的专家团队具有丰富的经验,可以帮助您了解您正在试图调查和满足您的要求。另外,我们也可以提供其他的蛋白质识别服务,包括:


参考:
1.史密斯J B. Edman降解的肽测序。埃尔斯,2001年。
2.蛋白质和多肽的N‐末端序列分析。《蛋白质科学现行规程》,2001:11.10。1 - 11.10。38.

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