创造性蛋白质组学通过治疗蛋白，单克隆抗体和蛋白质疫苗的Edman和质谱提供N-末端序列分析。
N末端Edman降级：
在蛋白质N-末端序列分析中，首先用苯二硫氰酸酯（PITC）改性蛋白质。随后，通过以苯硫替芬素（PTH）衍生物（PTH）衍生物形式的酸性切割除去衍生化的末端氨基酸，并且目前在下一轮与PITC反应时，新的α-氨基也可用于下一轮反应。因此，通过对PITC添加的严重反应分析蛋白质序列，并在每次分析时切割一个PTH。假设反应是完全有效的，该方法可以从n末端序列序列整个氨基酸。尽管与质谱仪相比，效率较低，但N-末端EDMAN测序仍然具有蛋白质分析的优点，其不能通过其他分析方法获得。利用目前的技术，从蛋白质和肽的N-末端获得至少20至25个序列的序列至少20至25个残基。
质谱：
目前，最常用的蛋白质序列分析技术是质谱法。质谱法是一种高效准确测定蛋白质质量和表征蛋白质的方法。两种主要使用的质谱仪分别是电喷雾电离（ESI）和基质辅助激光解吸/电离（MALDI）。基本上，蛋白质经过消化酶的预处理，被消化成小片段，然后通过质谱仪进行分析。根据项目需要，MALDI和ESI是两种用于电离肽片段的电离源。通常，在处理大量样本时，MALDI更常用。然后通过分析每个片段的质谱获得肽序列，这些片段共同构成全长蛋白质序列。
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