在MS-based代谢组学中，数据处理的起点是原始数据文件的集合，每个文件对应一个单一的生物样本。LC-MS数据文件是一组连续记录的直方图，每个直方图代表电离分子在非常短的时间内在检测器上的撞击。直方图由m/z和强度数据点组成。数据处理的基本目的是将原始数据文件转换为有助于方便地访问每个观察离子的特征的表示。特性包括离子的保留和m/z时间，以及从每个原始数据文件的离子强度测量。除这些基本特征外，数据处理还可以提取离子同位素分布等附加信息。

由于不同的仪器供应商使用不同的专有数据格式，数据处理的初步步骤需要兼容分析来自不同供应商的代谢组学数据的软件，使这些原始专有数据能够转换为常见的原始数据格式，如netCDFor mzXML。研究小组和公司已经开发出了更新型的mzXML格式的转换器。典型的数据处理管道通常经过过滤、特征检测、对齐和归一化等多个阶段。对原始数据进行处理，以消除任何测量噪音或基线。特征检测应用于检测表征测量离子从处理的原始信号。对齐方法的目的是聚类测量跨单独的样本和归一化消除不希望的系统差异不同的样本。

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