由于其在生物系统中的多种参与，肽是理想的生物标志物候选。根据NIH的定义，“生物标志物”被定义为一种可以作为正常生物过程、病理过程或对治疗干预的药理学反应的指标进行测量和评价的特征．由于多肽可以在生物体的隔室间迁移，许多致病过程可以通过多肽在不同体液中的组成特征、病理性变化来反映。与各种疾病相关的肽丰度变化已经被检测到。
目前，两种发现生物标志物的肽组学方法正在研究中:模式识别和mono - /低聚糖生物标志物检测。对于前者，不需要获取候选生物标志物的身份信息，只需要根据MS模式来指定具有高特异性和敏感性的患者样本。
单/低聚糖与模式识别相比，生物标记物更有用和可靠，因为在前
为了筛选和验证肽标记物，因此需要同时完成两项任务:识别样品中存在的肽(定性)和确定相应的浓度(定量)。只有两者的结合才允许选择候选肽。通常这项工作并不局限于特定类型的分析仪器，目前有许多分析技术用于生物标志物的检测。但我们认为，与UPLC和nanoLC等多种液相色谱相结合的质谱可以作为高分辨率、高灵敏度、高通量和高定量的最佳分析平台。