你会有两个主要的顾虑:
覆盖范围:质谱技术能否提供高序列覆盖?覆盖度越高，就有更大的统计机会检测和识别含有修饰组的肽。
修饰位点的占用率:蛋白质制剂被修饰的百分比是多少?如果低，则检测到修饰肽的机会减少。如果占用率很高(>30%)，则有利于确定修饰位点。
首先，注意，由于其独特的序列，每个蛋白质在高序列覆盖下具有不同的势势。
所有蛋白质的覆盖率增加:
a)以较高数量的蛋白质(>5 μg蛋白质是理想的)开始进行质谱分析
b）确保蛋白质是纯净的
c)使用多种质谱仪器/技术进行分析将增加覆盖率
d) TiO2柱富集磷酸肽
如果纯度和浓度高的蛋白质，那么在大多数情况下，MS-based蛋白质识别仍然是有利的。
然而，附着的碳水化合物(CHO)链可以通过以下机制损害MS-based特异性肽的鉴定:
a）Cho链可以阻断胰蛋白酶切割
b）附着的CHO链的可变质量可以降低糖肽检测。
c)选择:在凝胶加载和质谱分析之前，用n -聚糖酶(PNGaseF)切割N-linked CHO链
成本最低的初步分析是对凝胶或高纯制剂中的纯蛋白质使用MALDI-TOF/TOF的方法。局限性:如果蛋白质很大，或者是不纯，或者是产量低(< 500ng)，蛋白质的覆盖率会很低。
建议：对于初步，低成本分析，仅提供高质量的样品（这将是在1μg范围内的凝胶上的单个带）。