为了评估蛋白质的生物学功能，了解细胞内的信号传导机制以及疾病的特异性生物标志物，研究不同实验条件下蛋白质组的差异是非常重要的。新出现的基于质谱的定量蛋白质组学为定量和系统地评估不同样本蛋白质图谱的定量差异提供了强有力的工具，并日益被定义为生物医学和临床研究的重要组成部分。
基于发现的定量蛋白质组学在全球范围内比较了疾病样本和正常样本的蛋白质组，已被广泛用于研究各种人类疾病，目的是识别生物标志物和/或揭示疾病的发病机制。获得定量蛋白质组学数据的方法不断发展，有精确的稳定同位素标记（SIL）和无标记方法。
SIL为每个肽/蛋白提供了化学上相同但同位素上不同的内部标准，以直接比较代表相对丰度的质谱信号强度。
基于质谱（MS）的靶向蛋白质定量方法是基于同位素稀释MS的概念，通常用于检测小分子。该方法可与现代先进的基于抗体的方法相媲美，如多分析物分析平台（MAP），提供具有良好动态范围的多路检测能力。
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