DNA甲基化是在DNA甲基转移酶的催化下，甲基基团共价转移到DNA核苷酸的胞嘧啶和腺嘌呤(腺嘌呤甲基化仅限于原核生物)的过程。DNA甲基化的作用是抑制基因转录，是正常发育的基础，与基因组印迹、x染色体失活、重复元件抑制和致癌等一系列关键过程和生物活动有关。在哺乳动物、昆虫、细菌、真菌和植物中，DNA甲基化在上述物种中广泛检测到;DNA甲基化通常发生在CpG二核苷酸连接的胞嘧啶5位，可选择性地降低特异性基因的表达;非cpg甲基化普遍存在于胚胎干细胞中，也被表明存在于神经发育中。

DNA甲基化、染色质结构与人类恶性肿瘤之间存在着密切的关系，是表观遗传过程的重要组成部分。由于DNA甲基化作为生物标记物在癌症分子诊断、衰老、动脉粥样硬化等疾病中的重要意义，目前已开发出多种分析方法，如化学分析或生物芯片。随着质谱技术的发展，LC-MS/MS可以作为一种高通量、超灵敏、高可信度的全球甲基化分析方法。因此，含有不寻常修饰的寡核苷酸可以通过质谱快速验证。基于LC-MS分析的典型工作流程如下:

1.高效液相色谱法可以分离碱基特异性酶切样本中的不同脱氧核糖核酸片段，在色谱柱上的保留时间不同;

2.在串联质谱中，质子化的脱氧核糖核苷酸被第一个质谱分析仪依次选择，并在碰撞池中破碎生成产物离子;

3.来自所选前体的碎片离子模式将被第二质谱分析仪扫描。生物信息学工具将用于DNA序列片段的鉴定和DNA甲基化。

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