蛋白质是重要的大分子,在细胞和系统水平上促进不同的生物过程。巨大的分子过程是通过蛋白质间相互作用(protein - protein Interactions, PPIs)组织的大量蛋白质成分来调控的,PPIs是指两个或多个蛋白质之间建立的有意的物理接触,并导致特定的生化事件。这种相互作用是活细胞整个相互作用组学系统的核心,毫不奇怪,特定的PPIs与多种疾病相关。
图1.蛋白质 - 蛋白质相互作用热点和变构位点。(Turnbull A P.等。;2014)
蛋白质 - 蛋白质相互作用的发现和验证是了解这些蛋白质相互作用的条件的第一步和下方体内/体外及其互动背后的功能影响。如表1所示,下面列出了PPI研究中的一些流行方法。
表1。PPI研究中最常用的方法
方法 | 类型的质子泵抑制剂 |
---|---|
共免疫沉淀(CO-IP) | 稳定或强 |
下拉试验 | 稳定或强 |
交联蛋白相互作用分析 | 瞬态或弱点 |
标签转移蛋白相互作用分析 | 瞬态或弱点 |
远方印迹分析 | 适度稳定 |
创造性蛋白质组学中的蛋白质相互作用分析
我们的小组中应用了各种技术来研究PPI。每种方法都有自己的优点和限制。我们指示客户的最佳合适方法。我们的服务包括但不限于:
CO-IP是一个有用的在体外评估涉及复合物的蛋白质的方法,以及它是否紧紧地结合。PPI缩进利用靶蛋白质特异性抗体来捕获与特定靶蛋白结合的蛋白质。CO-IP使得能够捕获和净化不仅仅是主要目标,还可以涉及互动中涉及的其他宏观分子。
下拉试验能够检测两个或多个蛋白质之间的物理相互作用,并识别以前未知的PPIs。在下拉实验中,诱饵蛋白被标记并固定在亲和树脂上。当样品与诱饵蛋白孵育时,与诱饵蛋白结合的蛋白质将被捕获并“拉下”。
交联蛋白相互作用分析适用于瞬时或弱相互作用,可以进行在活的有机体内或者在体外。在该方法中,分析溶液,如交联试剂或交联剂,使得通过共价结合而使蛋白质 - 蛋白质复合物相应地随后的分离和表征。
已申请标签转移检测瞬态或弱PPI,这些PPI难以使用其他难以捕获在体外检测策略。标记转移试剂将用于标记与目标蛋白相互作用的蛋白质。新的非同位素试剂和方法的发展提高了标签转移分析的简单和方便。
基于免疫印迹的免疫印迹程序,也检测到PPI在体外并且不需要保留目标蛋白质的原生状态。在该方法中,纯化和标记的“诱饵”蛋白用于探测膜上的靶“猎物”蛋白。
两种或更多种与特定功能目标相互作用的蛋白质的结果可用于以几种不同的方式证明。蛋白质相互作用的可测量效应如下:
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参考:
1.张国强,张国强,张国强,等。基于片段的药物发现与蛋白-蛋白相互作用。生物化学研究与报告,2014,4:13-26。