蛋白质控制细胞中的所有生物学系统。虽然许多蛋白质独立功能，但大多数蛋白质需要与其他蛋白质相互作用以保持完整的生物活性。因此，为了更好地了解细胞内蛋白的功能和生物学特征，研究人员通常需要鉴定和分析蛋白质 - 蛋白质相互作用。共同免疫沉淀和下拉是由于其鲁棒稳定性而识别蛋白质 - 蛋白质相互作用的两种最流行的技术。
是什么共同免疫沉淀？
CO-IP是基于抗体和抗原之间的特异性相互作用研究蛋白质相互作用的经典方法。它有效地确定了两种蛋白质在完整细胞中的生理相互作用。在共同IP测定期间，当在非变性条件下细胞裂解细胞时，在完整的细胞中保留许多蛋白质 - 蛋白质相互作用。当用蛋白质A的蛋白A免疫沉淀蛋白质A的蛋白质A在argarase珠子上进行免疫沉淀时，蛋白B与体内蛋白A结合在一起。然后可以通过蛋白质印迹或质谱法检测蛋白质B以证明蛋白质 - 蛋白质相互作用。
共同免疫沉淀程序的流程图（Lechuga Ana等, 2018)。
CO-IP可用于检测身体中已知的蛋白质 - 蛋白质相互作用并找到未知的蛋白质 - 蛋白质相互作用。共同IP方法可以在天然状态下与蛋白质复合物分离和相互作用，并且所获得的蛋白质具有高可靠性。该方法还具有一定的限制。一个是，两种蛋白质的结合可能不是直接的，但第三方可能发挥桥梁作用。另一种是，可能无法检测到低亲和力和瞬态蛋白质 - 蛋白质相互作用。第三，必须在实验前预测靶蛋白，以选择要检测的抗体。因此，如果预测不正确，则实验不会产生结果。
是什么下拉？
下拉实验是亲和纯化的一种形式，与免疫沉淀非常相似，只是诱饵蛋白代替抗体。在下拉实验中，标记的诱饵蛋白被一个固相亲和配体捕获，该配体专门结合到该标记上。常用的标签蛋白有GST-、His-或Biotin-，产生“二级亲和支持”。含有固相诱饵蛋白的二级亲和载体可以与含有假定猎物蛋白的各种蛋白质样品一起孵育。如果缓冲液和样品条件与目标结合相互作用相容，且诱饵蛋白在标记和固定化后仍能发挥作用，则样品中的猎物蛋白将与亲和支持物结合。如果特异性结合相互作用的亲和力足够强，未结合的样品成分可以被洗掉，纯化形式的猎物或诱饵-猎物复合物可以从载体中洗脱。
下拉技术可以确定已知蛋白与鱼蛋白或纯化相关蛋白之间的相互作用，可以检测到体外转录或翻译系统中的蛋白相互作用，如酵母双杂交系统之间的蛋白检测。它并不能真正反映蛋白质之间的相互作用，因为它们不一定在体内的空间相遇。所以这并不意味着它们必须在生理条件下被束缚。
为了更有效地使用下拉技术，将纯化后的蛋白表达为融合蛋白，即将一个“诱饵”蛋白与一个容易纯化的配体蛋白融合。根据不同类型的融合蛋白(常见的融合标签)，有三种下拉方式:GST下拉、聚组氨酸下拉、生物素下拉。
该方案描述了一种单分子下拉(SiMPull)分析生理蛋白复合物(Jain等，2012）。
通过通过谷胱甘肽（GSH）-immobilized柱的GST和GSH的相互作用可以吸附GST融合蛋白。当细胞提取物通过柱时，可以获得利益蛋白质以与“诱饵”蛋白相互作用。GST融合蛋白下拉方法以两种方式使用。一个是鉴定可以与已知的融合蛋白相互作用的未知蛋白质;另一种是识别两种已知蛋白质之间是否存在相互作用。这种方法相对简单，避免使用同位素和其他危险物质，并在蛋白质相互作用研究中具有广泛的应用。
多组氨酸下拉法的基本技术原理与GST下拉法相同，只是该方法的诱饵蛋白为多组胺酸。
生物素下拉测定也是下拉技术的重要分支。测定的基本原理和步骤与GST下拉测定相同，不同之处在于生物素下拉测定中的诱饵蛋白由生物素组成。
参考
1. 1.仁源唐，吉山塔哈里。人细胞CO-IP蛋白质 - 蛋白质相互作用分析。2台混合动力系统，2018年。
2. S. Fletcher，S.E.H.Bowden，N.v. Harlion。Syntaxin 1A与CA的错误相互作用２＋激活K+通过免疫共沉淀和下拉分析揭示的通道:对蛋白质相互作用的鉴定的影响。神经药理学，2003,44（6）：0-827。
3. Lechuga Ana，Berjon-Otero M，Salas Margarita，等。蛋白质下拉共免疫沉淀法测定病毒DNA结合蛋白直接相互作用分析，生物协议，2018年。
jain安库尔，刘瑞杰，翔阳，等。用于研究蛋白质相互作用的单分子下拉。自然协议。2012（7）：445-452。
5.李，洪赢，瑞华，吉杨，等。弱蛋白质 - 蛋白质相互作用的实时单分子CoimmunopRectipitipitipitipitipitipitipitipitip。自然的协议，2014,8（10）：2045-2060。