需要一种允许直接定量蛋白质表达水平差异的技术。存在蛋白质的绝对量化（称为Aqua）及其修改状态的策略。Aqua，使用稳定同位素标记的肽和HPLC-MS来实现绝对蛋白质定量。通过将共同的原理应用于蛋白质分析，蛋白质分析的标记分子为内标，增强了蛋白质研究人员的能力，可以定量地研究复杂的生物样品，并为蛋白质组学提供了有价值的新工具。对于蛋白质组学研究人员，它有助于靶向，定量研究不仅具有特定的蛋白质表达，而且还具有特异性氨基酸改性。
我们的水上策略有两个阶段：肽内部标准选择和验证，以及方法开发和实施。
在第一阶段中，选择具有代表性的胰蛋白酶肽并从所关注的蛋白质中标准合成，所述蛋白质具有精确模拟在蛋白质水解期间产生的相应天然肽的氨基酸序列。在合成过程中加入稳定同位素。然后，通过LC-MS/MS评估合成的水内标肽。然后进行SRM分析以测量特定前体到产物离子的转变。
图1. Aqua Peptide开发
Aqua策略的第二阶段是其实施，以测量复杂混合物中的蛋白质或改性蛋白质的量。可以在蛋白水解之前任选地分离细胞裂解物以增加测定的动态范围。我们拥有最常用的SDS-PAGE用于这种富集，然后切除凝胶区域的蛋白质迁移的凝胶区域。在水溶肽存在下进行凝胶消化，在消化过程中添加到凝胶块中。在蛋白水解之后，使用在第1阶段期间测定的参数在LC-SRM实验中分析含有重肽的复合肽混合物。
图2.方法实现。
创意蛋白质组学还提供以下绝对量化的生物信息学服务：
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