研究肽/蛋白质的生物功能的肽/蛋白的序列是重要的。然而，肽/蛋白质的完整的特征，包括翻译后修饰（PTM的），序列变异和变种，是非常具有挑战性的。有通过质谱法来确定肽/蛋白的序列两种方法：数据库搜索和从头测序。数据库搜索方法获得的质谱与已知蛋白质序列的数据库，以确定该蛋白的序列。从头测序是其中氨基酸序列直接从串联质谱解释没有数据库的帮助下的处理。
虽然通过质谱法对蛋白质进行数据库搜索鉴定已经很成熟，但如果当前数据库中不存在蛋白质序列，则该方法不适用。因此，从头测序是识别新肽、未测序生物体和抗体药物的唯一方法，而数据库搜索方法无法检测到这些新肽、未测序生物体和抗体药物。然而，从头测序比传统的数据库搜索方法更具挑战性，例如，片段离子的分配不明确，不完整片段中产生的产物离子不足，导致序列覆盖率低，难以区分离子系列，尤其是N端和C端MS/MS产物离子（b）来自y离子的离子。
在创造性蛋白质组学，我们通过使用以下四种策略来应对这些挑战。首先，傅里叶变换离子回旋共振质谱（FTICR-MS）具有最高的质量分辨率和准确度，避免了低质量分辨率和准确度导致的误报。使用7T solariX XR FTICR-MS，质量分辨率可达10000000。随着质量精度的提高，生成的指定变得越来越自信。其次，采用自下而上和自上而下的质谱法对同一样品进行分析。自下而上允许我们使用不同的酶消化产生重叠的肽，而自上而下的质谱法提供完整的质量数据并提供蛋白质片段细节。通过结合这些数据，可以更好地确认肽/蛋白质序列。第三，采用四种裂解技术：碰撞诱导解离（CID）、电子转移解离（ETD）、电子捕获解离（ECD）和高能碰撞解离（HCD）进行肽/蛋白质裂解，它可以从相同的肽/蛋白质中提供更多的片段离子，这些互补性数据必将改善离子分配。例如，根据ECD与活化离子ECD（AI-ECD）MS/MS产物离子质谱中的素离子与自由基离子丰度之比，可以区分C端（z•）与N端（C’）ECD产物离子。最后，我们还提供了化学衍生，以确定离子系列。例如，通过恶唑酮化学在C-端引入溴可以识别y离子，因为溴同位素峰不同。类似地，胍基化的引入可以增加鉴定的可能性和选择性。
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