什么是肽质量指纹识别（PMF）？

肽质量指纹识别（PMF），也称为蛋白质指纹识别，是1933年开发的高通量分析方法，以鉴定蛋白质。内蛋白酶首先将未知的靶蛋白切割成较小的肽。可以使用质谱仪（例如MALDI-TOF）精确测量这些肽的绝对质量，也可以获得未知蛋白质的肽峰列表。将该峰值列表与使用计算机程序的蛋白质数据库的理论肽峰列表进行比较。该程序将所有生物体的已知基因组转化为蛋白质，理论上将蛋白质摘要成小肽，并从每种蛋白质中计算肽的绝对质量。同时，与裂解未知蛋白质的肽的质量也与基因组中编码的每个蛋白质的理论肽质量进行比较。结果在统计上分析以找到最佳匹配。

肽质量指纹识别过程

在纯化生物组织或细胞中的蛋白质后，通过2D或SDS-PAGE凝胶分离，并使用成像技术进行比较。选择具有显着差异的蛋白质进行进一步分析。通过脱胶和所选蛋白质的酶水解来获得反映蛋白质特性的一系列肽化合物。通过质谱仪精确地测量肽混合物的指纹，得到蛋白质的分子量。通过已知数据库搜索在所选蛋白质中提供准确定性。

肽质量指纹识别的应用

随着分析化学技术的发展，PMF已广泛应用于各种领域，如药物真实性鉴定，食品质量控制和人类疾病诊断，由于其高灵敏度，高稳定性和低样品损失。世界卫生组织和中国的国家食品和药物管理局利用PMF作为材料识别和过程控制技术，为质量评估提供客观指标。

肽质量指纹识别的优点和缺点

➢优点

• 不依赖于蛋白质测序进行蛋白质鉴定，但肽质量。
• 简单快速，通过一阶质谱法鉴定蛋白质的经典方法

➢缺点

• 目标数据库中的蛋白质序列必须存在。
• 适合单蛋白质分析。混合蛋白的存在大大提高了分析的复杂性。
• 相似质量的肽将大大增加匹配的难度。

MALDI-TOF肽质量指纹识别

快速和准确的蛋白质鉴定对于蛋白质组学研究至关重要。PMF可以通过基质辅助激光解吸电离离子源（MALDI）和飞行时间（TOF）质量分析仪来测量。它是蛋白质组学研究中最常用的方法。

马尔迪使用激光照射由样品和基材形成的共晶薄膜。基材吸收来自激光的能量并将其转移到生物分子中。在电离过程中，将质子转移到生物分子或从生物分子中得到，并且生物分子是电离的。因此，它是一种适用于测定混合物和生物大分子的软电离技术。TOF的原理是离子加速以在电场的作用下飞过飞行管道，并且基于飞行时间到检测器的时间来检测离子。MALDI-TOF-MS具有高灵敏度，高精度和高分辨率的特点。它为生命科学和许多其他领域的样本分析提供了越来越重要的作用。

参考
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3. Suckau D，Revemann A，Schuerenberg M，等。蛋白质组学的一种新型MALDI LIFT-TOF / TOF质谱仪。分析和生物分析化学，2003,376（7）：952-965。