糖肽分析将糖基化信息与蛋白质的确切位置（糖基化位点）联系起来。该分析旨在检测和表征新的目标分子，这可能导致新产品的开发。通过了解疾病进展和病理学的机制，对比较糖肽分析可以有助于诊断和疾病治疗。

图1.糖肽分析所涉及的步骤的示意图

分析采用了自下而上的方法。该方法通常呈现特异性酶促蛋白水解的组合，然后通过亲和层析或液相色谱法分离糖肽或液相色谱，并最终通过质谱法鉴定。

在获取糖肽分析的有用数据之前，甘肽的样品富集是一种关键步骤。通常，如果仅分析一种糖蛋白，则使用抗体来识别感兴趣的蛋白质。凝集素亲和色谱法用于选择一组糖基化的蛋白质。最近，将亲水性相互作用液相色谱（HILIC）作为用于糖肽富集的新方法。

图2.用相同肽骨架的肝脏分离糖肽

除了离线分离方法之外，糖肽分析通常还使用在线分离和富集。用反相柱的LC-MS分离糖肽是最广泛采用的预先采用的预分离程序以及HILIC柱法。反相色谱柱通常基于肽部分分离糖肽，尽管糖醇类将含有相同的肽序列共乳液。在数据分析方面，这种共同洗脱可以是一个优势，因为给定糖肽的所有糖族更容易在数据集中找到。然而，共洗涤也是丰富的糖族可能抑制物种较小信号的扰动。HILIC柱提供一种替代分离策略，其中糖族与亲水柱相互作用;因此，给定肽的糖族更容易分离。石墨化碳柱可用于分离糖肽异构体。

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