蛋白质鉴定方法
蛋白质识别这里是指使用某些生物化学和物理方法的精确筛选和鉴定蛋白质。包括免疫印迹，已知或未知蛋白质的免疫印迹，分析，以及内肽的化学序列的传统蛋白质鉴定方法是复杂的，耗时的，较低的准确性。
蛋白质鉴定方法已经从图像分析技术，微序列，氨基酸组成分析中演变，以质谱。图像分析技术使用光谱仪。整个过程涉及检测一些斑点，背景减法，点匹配和数据库结构。图像分析和氨基酸组成分析需要与其他蛋白质识别技术结合完成整个过程。微量化技术已迅速更新，实现了自动蛋白质识别的目标。如今，研究人员越来越倾向于选择与快速蛋白质鉴定的质谱相关技术。
用质谱法鉴定不同方法
质谱仪可以将肽片段与蛋白质数据库中蛋白质中的理论肽质量指纹（PMF）进行肽指纹和测序结果，以寻找最佳候选蛋白。与质谱相关的蛋白质识别方法包括基于LC-MS / MS的MALDI-TOF和肽测序的蛋白质指纹。
（1）MALDI-TOF / MS的原则
MALDI-TOF是一种矩阵辅助激光解吸/电离飞行时间质谱仪。基于MALDI-TOF的蛋白质指纹纹理方法用于用某种蛋白水解酶（通常胰蛋白酶）来消化样品并获得MS光谱，其产生所有肽（或MH +）的质量。这些品质用作指纹，用于搜索数据库中的蛋白质并匹配测量的质量。与最高分的蛋白质是候选蛋白质。
图1. MALDI-TOF质谱法的过程
（2）MALDI-TOF / MS的优势
MALDI-TOF / MS的优点是高精度离子反射器和延迟离子提取，从而快速收集MALDI-TOF / MS数据并分析结果。
（3）MALDI-TOF / MS的应用
主要用于临床医学，食品工业和植物检疫中微生物的鉴定和分类。
（1）LC-MS / MS的原理
高效液相色谱 - 质谱系统可用于通过分析物质的分子量和元素组成来研究分子结构和其他信息。在通过LC-MS / MS肽测序的蛋白质鉴定期间，通过HPLC分离蛋白水解消解中的肽混合物（通常是胰蛋白酶消化）。TANDAM质谱仪和HPLC用于进行肽片段化。为每个碎片肽获得MS / MS光谱（通常为每个样品有数千个MS / MS光谱）。每个MS / MS光谱（对应于特定肽序列）用于搜索蛋白质数据库以使肽最终鉴定蛋白质。特别地，可以在数十种皮摩摩尔的水平下检测反相液相色谱和串联质谱（串联MS）的组合。如果毛细色谱与串联质谱相结合，则可以检测低浓度下蛋白质，水平小于Femomole和原子水平。目前，蛋白质主要通过酶水解，液相色谱分离，串联质谱和计算机算法的组合鉴定。
图2.与液相色谱（LC-MS / MS）相关的串联质谱法的图
（2）LC-MS / MS的优点
LC-MS / MS可以分析具有高灵敏度和特异性的小或中等极性分子。
（3）LC-MS / MS的应用
LC-MS / MS可以确定蛋白质分子量，分析肽和蛋白质改性位点，并鉴定蛋白质。它可以用于生物化学，农业和临床医学等领域。
参考
1.RaquelPérez-Míguez，MaríaLuisaMarina，MaríaCastro-Puyana。高分辨率液相色谱串联质谱法，用于咖啡银蛋白水解产物中肽的分离和鉴定。微型化学杂志，2019,149。
2.牛奶克里斯蒂安e，英国吉米k，shteynberg大卫，等。串联质谱序列数据库搜索方法，用于通过质谱法鉴定O-岩藻糖基蛋白。蛋白质组研究杂志，2019,18（2）。