微生物群被称为另一个器官,有时也被称为我们的第二基因组,组成微生物群的微生物的基因比人类的基因多100多倍,仅在肠道中就有超过300万个细菌基因。肠道中超过99%的细菌是厌氧菌,其中许多还没有被彻底研究过,因为它们不能在宿主之外培养。传统的分离培养方法限制了肠道菌群的研究,而全面恢复肠道菌群遗传信息的微生物组分析提供了方便、高效、全面的解决方案,得益于16S/18S/ITS扩增子测序和基于下一代测序(NGS)技术的猎枪宏基因组测序等方法,这些方法为肠道微生物群的研究带来了曙光,研究人类肠道微生物在不同宿主中的复杂性,希望这些知识能够解决人们所遭受的健康问题。
16 s / 18 s /扩增子测序
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing目前已成为肠道微生物鉴定、定量、分类和系统发育研究的一种成熟方法——针对古菌和细菌的16S rRNA测序,而18S rRNA测序主要用于真核生物,ITS测序主要用于真菌。这些基因由保守区和高度可变区组成,这为其成为探索肠道微生物多样性的实用方法奠定了基础。
全基因组测序
全基因组测序提供了整个基因组的全面视图,在多个领域都是一个强大的工具,包括诊断、跟踪疾病爆发、描述致病突变和识别耐药基因。
宏基因组测序
与仅仅揭示系统发育信息的前体技术(如扩增子测序(如16S rRNA测序))不同,猎枪宏基因组测序(也称为全宏基因组猎枪测序或WMGS测序),在研究未知微生物时,由于缺乏有用的标记或引物,也很难揭示系统发育信息,另一方面,散弹宏基因组测序可以提供更广泛的信息和基因功能的迹象,从基因上分析来自肠道群落中不同类型微生物的DNA,以了解什么生物存在及其生理。例如,shotgun宏基因组学的应用可以揭示肠道细菌中的抗生素基因,并可能导致对病原体的理解和治疗的进展,并为调整肠道菌群组成提供指导。
读测序
通过对单个分子的直接测序,长读测序技术比下一代测序技术有能力对更长的序列进行测序,创造了高质量基因组测序的复兴,允许无偏见,与第二代测序方法相比,更具体的鉴定和更大的分类学分辨率用于肠道微生物群研究。
DNA微阵列
DNA微阵列(也称基因芯片)是一种广泛应用于微生物群落分析的技术,在DNA微阵列中,一系列序列或基因被有序排列,以检测靶DNA或rna(通常为cDNA)。DNA芯片的基本原理是核酸杂交,记录载玻片上每个点的位置和序列,并进行比较,获得所需的信息。这项技术使研究人员能够调查和分析数千个基因在单一反应中的表达,并更直接地解决原核和真核细胞中的问题。
Virome测序
与细菌组相比,高通量测序法在肠道样本中进行的病毒组调查要少得多,因为它们的比例更低,而且缺乏泛病毒序列特征。病毒最重要的特征之一是基因组高度可变,没有所有病毒共有的基因区域可以作为通用的扩增引物。直到下一代测序的大规模应用使在高通量水平上研究病毒群成为可能。病毒宏基因组测序是公认的研究病毒的方法。随着NGS技术的发展和成熟,病毒宏基因组测序已成功应用于粪便样本的肠道病毒研究,并在临床样本中发现了许多新的病毒。
创造性的蛋白质组学致力于为您的肠道微生物群研究提供先进的技术,包括但不限于宿主-病原体相互作用,细菌疾病机制和微生物群落如何相互作用。如果您对您的研究项目有任何需要,请随时联系我们.
*只供研究用途。不用于诊断程序。