人胃肠道被一系列大量微生物殖民,它们形成了特定于不同年龄,饮食习惯和健康状况的人群的细菌,病毒和微生物真核的社区。这些微生物中的许多既没有彻底培养也没有彻底研究。全基因组de Novo测序是指除了不需要参考序列的新型基因组,其允许培养无关的复杂分析和肠道微生物的采样。肠道微生物与宿主之间的共生关系可以是共同主义,共识或寄生。通常,肠道微生物群当我们的身体效果很好时保持动态平衡。虽然可能由于内部或外部原因而发生困难,但影响可能是双边反之亦然。此外,寄生微生物的外观或过度增殖也可能是社区稳定性崩溃的不可贪婪,以及危害我们的健康的原因,使其能够研究某些与疾病相关的微生物及其在人类之间的关系。
不像方法,只有有针对性的基因组的有限部分,如16S / 18S / ITS扩增子测序,全基因组测序提供了整个基因组的全面视图,其工作方式在多个领域,包括诊断,跟踪疾病爆发的有力工具,表征致病突变和识别药物抗性基因。
图1.全基因组测序分析工具(Quainoo 2017)
创意蛋白质组学提供了先进的全基因组测序服务,工作流程一般分为以下几个步骤:
全基因组测序工作流的特征过程是对齐,变体调用,注释和计算相关的指标。在对齐过程中,我们可以访问最新的参考数据库,以保证详细,准确的比较。我们能够运行多种遗传变体调用,例如单核苷酸变体(SNV),诱导呼叫,拷贝数变体(CNV)和结构变体(SV),这是识别可以随后与之相关的遗传变体的过程重要表型。然后用数据分析和变种注释,包括封闭参考操作分类单位(OTU)分析,属级分类分析,多样性分析,物种级分类分析,Kegg代谢途径和模块分析,等等。,充分了解基因组序列。最后,是对准和相关指标的计算。
样本要求
样本类型 | 浓度 | A260 / 280. | 最低金额 |
基因组DNA | 50纳克/微升最小 | 1.8-2.0 | 1微克 |
我们的优势
◆高覆盖率和高灵敏度
◆读取范围宽
◆成本效益和快速的周转时间
◆支持生物信息学
◆专业从事肠道菌群分析
我们提供完整的基因组学测序服务,不仅限于上述过程,还提供其他可选信息服务和自定义分析。如果您对我们的全基因组测序服务感兴趣并希望了解更多,请随时联系我们!!
参考
1 quainoo s;等。细菌病原体的全基因组测序:医院爆发分析的未来。临床微生物学评价。2017,30(4):1015。
*仅供研究使用。不适用于诊断程序。