微生物宏基因组服务
创新蛋白质组学为生物、环境、医学等领域提供微生物宏基因组分析。我们利用高通量下一代测序(NGS)技术，以特定环境下的微生物种群基因组为研究对象，分析微生物多样性、种群结构、进化关系等。探讨微生物种群的功能特征、相互合作及其与环境的关系，并探讨其潜在的生物学意义。
我们的微生物宏基因组服务的优势
1.高通量测序平台:拥有Illumina HiSeq 2500、HiSeq 4000等多种高通量测序平台。
2.低样本需求:传统宏基因组库的推荐样本量为500ng或更多。对于难以获得的样本，可以选择构建微数据库，样本大小可以低至几个ng。
3.严格的质量控制流程:优化数据质量控制，过滤匹配低质量、非特异性扩增、低覆盖率、低复杂度序列，快速准确获取样品中的微生物信息和丰度信息，最大限度提高数据质量。
4.综合生物信息学分析:物种分析、基因预测与分析、多样性与相似性分析、功能分析、网络相互作用分析、代谢网络、关联分析等。
宏基因组学工作流程总结(Quinceet al。, 2017)
生物信息学分析
| 物种的分析 | 物种组成分析 | |
| 物种差异分析 | 维恩图，Lefse分析 | |
| 相似性分析 | PCA分析、PCoA分析、Bray-Curtis距离分析、NMDS分析、UPGMA分析、聚类热图分析、ansim分析 | |
| 网络互动分析 | ||
| 功能分析 | 微分功能分析 | LEFSE分析、KEGG差异代谢途径分析、KEGG富集分析 |
| 相似性分析 | 热点图聚类 | |
| 相关分析和模型预测 | RDA/CCA分析(需要提供环境因素信息) | |
| PERMANOVA/Adonis置换多变量方差分析 | ||
| Pearson/Spearman分析(Spearman相关系数分析需要表型信息) | ||
| 随机森林分类、树分类效果分析(样本量小不做此分析) | ||
| ROC曲线(样本量小则不做此分析) | ||
| Procrustes和Mantel测试分析(需要环境因素或表型信息) | ||
| 圆环图 |
服务可应用于以下领域:
1.医学领域:代谢性疾病、肿瘤癌、肠道菌群代谢与疾病、等．
2.畜禽领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌)、动物健康/营养消化研究等。
3.农田:根际微生物与植物的相互作用、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落，等．
4.环境领域:雾霾治理、污水治理、石油降解、酸性矿泉水治理及海洋环境;等．
5.生物能源:开发具有特殊功能的菌株、基因挖掘和工程细菌。
6.特殊极端环境:极端环境条件下的微生物群研究
样品要求:
1.环境样品:土壤5- 10g，污泥/沉淀物5- 10g，水体过滤膜过滤至可见覆盖，粪便3- 5g，血液10ml。
2.DNA:总含量≥1 μg，浓度≥10 ng/μL, OD260/280=1.8 ~ 2.0，保证DNA不被降解和污染。
3.送样管的样品号必须清楚标注，管口要用薄膜密封。
4.样品保存过程中避免反复冻融，送样品时使用干冰运输。
创新蛋白质组可以为您提供微生物宏基因组分析，并提供原始数据和详细的结果报告。如果您对以上服务有任何疑问或咨询其他微生物组分析服务，请联系我们．
*只供研究用途。不用于诊断程序。