肠道microbiota pacbio smrt测序
组成微生物群的肠道微生物的基因超过人类基因的100多倍，肠道中有超过300万个细菌基因，微生物群被称为“另一个器官”或“我们的第二个基因组”。厌氧菌占肠道细菌的99%以上，其中许多细菌还没有被广泛研究过，因为它们不能在宿主之外培养。能够恢复肠道微生物群完整遗传数据的微生物组评估提供了有用、高效和彻底的服务，这些服务极大地受益于PacBio SMRT测序等技术。这些技术为肠道微生物群研究提供了光明，使研究人员能够对不同宿主的人类肠道微生物复杂性进行概述，希望能解决人们面临的健康问题。
真核生物和原核生物基因组的高度重复组成使得基因组组装变得复杂，对重复序列的全面研究也变得困难。长读测序产生数个或几十个碱基(kbs)的读，使跨越复杂或重复区域的巨大结构特征的分辨率与单一的连续读。它可以显示甲基化碱基发生的位置，提供基因组编码的DNA甲基转移酶的详细数据，以及来自特定未扩增分子的更长的、更可靠的DNA序列。PacBio SMRT测序在新创基因组学、宏基因组学、转录组学和表观遗传学研究。
图1所示。PacBio SMRT测序原理。(terry Rhoads, 2015)
关于PacBio SMRT测序服务
创意蛋白质组学利用创新的PacBio SMRT设备(PacBio SR II和PacBio Sequel)用于各种研究项目，如全从头基因组组装、全长目标测序、宏基因组研究、全长转录本测序和全基因组DNA修饰评估。为了保证有信心和高确定性的结果，我们的专业培训的专家团队在每道工序后进行质量管理。从头组装、碱基修饰鉴定、单分子共识生成、转录本评估、扩增子评估和序列定位与变异鉴定都是我们生物信息学产品线的一部分。可以根据您的需求访问更多的数据挖掘选项。
我们的优势
- 高精度:无系统误差的测序，一致性准确率为> 99.999%。检验高度精确的长读测序的优点。
- 统一覆盖：因为没有基于GC材料的偏置，因此可以通过其他技术无法达到的区域进行顺序。
- 单分子分辨率：从天然DNA或RNA分子收集序列数据允许高精度的长读数，单分子精度为> 99.9％。
- 在测序期间立即鉴定基质改变，因为没有PCR扩增步骤。
工作流程和生物信息学分析
| 生物信息学分析 | 细节 |
| 基因预测 | 识别基因组DNA的基因编码区域。 |
| 功能注释 | KEGG、eggNOG和CAZy用于将生物信息附加到基因或蛋白质序列中。比较数据库中的单个蛋白质，并为每个蛋白质分配专门的角色。 |
| 分类注释 | 在参考数据库中，指定序列的分类。 |
| 聚类 | 在统计距离结构的前提下，将观察到的数据集分成几个子类或群集。 |
| PCA. | 基于多因素的样品和样品集之间微生物元素组织的比较。 |
创意蛋白质组学致力于提供最高级别的服务，以方便Gut Microbiota研究。PACBIO系统是一种极其可靠和廉价的雌噬菌组件测序框架，用于复杂样品和低多样性的微生物种群。在长读的偏心组测序中，我们将是您可靠的合作伙伴。有关更多信息和详细报价，请联系我们。
参考资料
1. Derakhani H，Bernier SP，Marko VA，Murete Mg。通过合成基因组池的长读测序完成拟细菌基因组草草草草草草案。BMC基因组学．2020年,21(1)。
2.Mahmoud M, Zywicki M, Twardowski T, Karlowski WM。第二代Illumina测序PacBio长读校正的效率基因组学．2019,111（1）。
3. Sadowsky MJ，Staley C，Heiner C.等等．分析肠道微生物——一个不断变化的景观。肠道微生物．2017,8（3）。
4.Rhoads A, Au KF。PacBio测序及其应用。基因组学，蛋白质组学与生物信息学．2015年,13(5)。
*仅供研究使用。不适用于诊断程序。