基于质量的策略正在出现并应用于蛋白质组学研究，因为该技术继续开发。使用质谱法的蛋白质组学方法可以定性地分析和鉴定蛋白质。例如，肽质量指纹纹理的蛋白质鉴定是快速，敏感的和高通量;肽序列标记可以鉴定混合物中的蛋白质。随着蛋白质组学的发展和相应的技术，对蛋白质丰度的变化的测量引起了更多的关注。基于质谱的基于标记的定量方法对于检测蛋白质是重要的。这种方法的特点是吞吐量高，选择性高，灵敏度高，动态范围宽，可重复性。目前，常用的无标记定量方法包括选择性/多反应监测和平行反应监测。

选择性/多反应监测质谱法

选择性反应监测（SRM）是基于测量值的针对性样本量化的技术或根据质谱检测中的原理假设的信息。主仪器是三重四极孔质谱仪。第一和第三四极杆棒用作质量过滤器，以具体地选择具有相同预制质量电荷比的肽离子（前体离子）和片段离子（产物离子）。第二四杆杆用作碰撞细胞，通常使用碰撞诱导的解离（CID）来破碎前体离子。两个质量选择使SRM技术具有高度选择性。另外，减少了背景噪声，除去干扰离子，改善敏感性，并且复杂样品中的低丰度蛋白的测定变得可行。在确保数据质量的前提下，多反应监测（MRM）开发是为了最大化在每个运行期间执行的测试数量。MRM允许同时监测多种选择性反应。

平行反应监测质谱法

平行反应监测（PRM）源自MRM，其还可以同时在复杂的生物样品中同时对多个靶蛋白的相对或绝对定量检测。PRM基于高分辨率，高精度质谱仪（如Q-辐射HF-X等）。它使用四极杆质量分析仪的选择性检测能力选择性地检测靶肽的前体离子信息。然后将前体离子在碰撞细胞中裂片。最后，使用高分辨率，高质量的精密锻炼分析仪来检测二次质谱中所选前体离子窗口中的所有片段。

比较选择性/多反应监测和并联反应监测

• 相似之处

在这些技术的第一阶段质谱中筛选靶蛋白的原理是相同的，并且通过四极其筛选前体离子，用于下一步检测步骤。

• 差异

1. MRM在前体离子的碎片后检测特异性产物离子，并定性通过前体离子和产物离子之间的一对一对应地定量蛋白质。在前体离子碎片后，PRM通过高分辨率检测器检测所有产品离子。

2.由于次级质谱的不同检测模式，PRM比MRM更精确，并且离子干扰较少。

3. PRM更方便。与MRM相比，前体离子的质量负荷比和电荷数是使用PRM时所需的唯一参数。找出用于检测的精确的前体离子子离子对。

参考
普拉克什A，Rezai T，等。多种前期分析物富集策略选择性反应监测测定的互上矫正性再现性。蛋白质组研究杂志，2012,11（8）：3986-3995。
2. Bourmaud A，加利者S.平行反应监测使用四极氧吲哚来质谱仪：原理和应用。蛋白质组学，2016,16（15-16）：2146-2159。