理解蛋白质进化速率变化的原因对包括分子进化、结构生物学和比较基因组学在内的许多领域都至关重要。确定蛋白质进化的速率可以说是量化选择和遗传漂变的相对重要性以及从基因组数据中识别选择力量的最有力工具。蛋白质进化分析也为研究物种形成、衰老和社会生活方式等问题提供了有用的工具;它们有助于识别重要的功能位点、与人类遗传疾病有关的肽、药物靶点或蛋白质相互作用伙伴。观察到的蛋白质进化速率也可以用来研究不同的突变如何导致疾病。除了基于序列和结构的方法外，基于基因组的方法也是研究蛋白质进化最有效的方法之一。现在，创新蛋白质组学的生物信息学家们很自豪地告诉你，我们愿意帮助你基于基因组的蛋白质进化分析服务!

蛋白质进化与DNA多态性和突变的改变和选择有很大的关系，因为蛋白质序列的改变响应DNA序列的改变。氨基酸序列和核酸序列的变异速度不同。由于DNA的简并性质，碱基可能会改变而不影响氨基酸序列。例如，有六个编码亮氨酸的密码子。因此，尽管突变率不同，但有必要将核酸进化纳入蛋白质进化的讨论。20世纪60年代末，两组科学家Kimura(1968)和Jukes and King(1969)分别提出，在蛋白质中观察到的大多数进化变化是中性的。从那时起，中性理论就开始被扩展和争论。

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