同源造型(也称为基于模板的建模(TBM)或比较建模)是基于其氨基酸序列和同源蛋白质的实验三维结构构建靶蛋白的原子分辨率模型的重要技术。同源性建模取决于可能是一种或多种已经已知的蛋白质结构的鉴定,以类似于靶序列的结构,以及在将靶序列中的氨基酸残基映射到模板序列中的残基的比赛上。已经提出,蛋白质的结构比同源物中的序列更加保守,但落下低于20%序列同一性的蛋白质序列可以具有很大不同的结构。现在,在创意蛋白质组学的生物信息管理员很自豪地告诉你我们可以帮助您帮助您同源性建模服务!
进化相关的蛋白质具有相似的序列,并且天然同源蛋白质具有相似的蛋白质结构。结果表明,蛋白质的三维结构比单独的序列保护更加守恒。序列对准和模板结构可用于构建目标的结构模型。由于蛋白质结构比序列更加保守,因此可检测的序列相似性通常表示显着的结构相似性。当目标和模板密切相关时,同源造型可以产生高质量的三维模型。
在实践中,同源性建模是一个多步骤过程,可以在七个步骤中总结:
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