在分子建模中，分子对接是一种被广泛使用的技术，它可以预测给定分子在相互结合形成稳定复合物时的首选方向。反过来，我们也可以利用得分函数来预测两个分子之间的结合强度或结合亲和度。生物相关分子如蛋白质、核酸、碳水化合物和脂类之间的关系在信号转导中起着关键作用。此外，两个相互作用的伙伴所涉及的方向可能对产生的信号类型有影响(例如，激动或拮抗)。因此，对接对于预测产生的信号的强度和类型都很有用。现在，创新蛋白质组学的生物信息学家们很自豪地告诉你，我们愿意帮助你分子对接服务!

为了基于分子对接进行筛网，首先要求是感兴趣的蛋白质的三维结构。通常，使用诸如X射线晶体学或NMR光谱等生物物理方法确定蛋白质结构，但也可以从同源性建模结构获得。这种三维结构和制备配体的数据库用作分子对接程序的输入。对接程序的成功依赖于两个组件：搜索算法和评分函数。

分子对接是基于结构的药物设计（SBDD）中最常用的技术之一，因为它可以预测小分子配体与合适的靶结合位点的结合构象。分子对接可应用于:

• 达到识别:分子对接结合评分功能可用于快速筛选硅潜力的大型数据库，以识别可能与感兴趣的蛋白质靶点结合的分子。
• 铅优化:分子对接可以用来预测配体与蛋白质的结合模式。这些信息可以反过来用于设计更有效和选择性的类似物。
• 生物修复:分子对接也可用于预测可被酶降解的污染物。
• 结合模式的特性在阐明基本的生化过程中也起着重要的作用。

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