分子动力学MD模拟是一种研究原子和分子物理运动的计算机模拟技术，是n -体模拟的一种。这种方法最初是在20世纪50年代末在理论物理学领域发展起来的。在这种方法中，原子和分子被允许在给定的时间内相互作用，给出了这个系统的动态演化的观点。在最常见的版本中，原子和分子的轨迹依赖于数值求解相互作用粒子系统的牛顿运动方程，其中粒子之间的力和它们的势能是通过原子间势或分子力学力场计算的。除了生物分子的建模，它现在也广泛应用于化学物理、材料科学等领域。现在，创造性蛋白质组的生物信息学家很自豪地告诉你，我们愿意帮助你分子动力学模拟服务!

Jochen美国中心,等．人类血红蛋白自发四、叔T-R跃变的分子动力学模拟。公共科学图书馆第一版杂志2010年,6 (5):e1000774

因为分子系统通常由大量的粒子组成，不可能通过分析来确定这些复杂系统的性质;MD模拟用数值方法解决了这个问题。然而，长时间的MD模拟通常在数学上是病态的，在数值积分中产生累积误差，可以通过适当的算法和参数的选择来最小化，但不能完全消除。对于服从遍历假设的系统，分子动力学模拟的演化可以用来确定该系统的宏观热力学性质:遍历系统的时间平均对应于微正则系综平均。MD也被称为“数字统计力学”和“拉普拉斯牛顿力学的愿景”，通过激活自然力来预测未来，并允许洞察原子尺度上的分子运动。

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