蛋白质演化是几代细胞分子蛋白质序列组成的变化过程。蛋白质进化领域使用进化生物学和群体遗传学的原理来解释这些变化中的模式。蛋白质进化的主要主题涉及氨基酸变化的速率和影响，中性演化与自然选择，发展的演变以及进化力影响蛋白质组学和表型变化的方式。利用三维结构构建系统发育树的构建，首先应用于约翰逊和工友的各种蛋白质家族，后来被其他人。基于序列的方法构建蛋白质的系统发育树是研究蛋白质进化的好方法。现在，在创意蛋白质组学的生物信息管理员很自豪地告诉你我们可以帮助您帮助您基于序列的蛋白质服务演化分析！

根据分配给进化力量的相对重要性，三个观点为蛋白质演变提供了进化解释。

• 选择假设建议选择是分子演化的驱动力。虽然承认许多突变是中立的，但许多选择者将中性等位基因频率的变化与在选择的另一个轨迹中连接不平衡，而不是随机遗传漂移。
• 中等主义假设强调纯化选择，突变和随机遗传漂移的重要性。分子进化的中性理论认为，DNA中的大多数突变处于对功能或适应性不重要的位置。这些中性变化偏向于人口内的固定。在这个过程中，阳性变化将是非常罕见的，因此不会有贡献DNA多态性。
• 突变主义假设强调突变模式中的随机漂移和偏差。Sueoka是第一个提出现代突变的科学家的科学家。他建议GC含量的变异不是阳性选择的后果，而是GC突变压力的结果。

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