一个家族中同源蛋白三维结构的差异程度与这些氨基酸序列的相似性程度有关。同源蛋白的三维结构和结构特征比其氨基酸序列更为保守，这是众所周知的。多次研究表明，同源蛋白在氨基酸序列水平上可以发生不可识别的分化，但仍保持着相似的结构和功能。同源蛋白中序列发散与结构发散的关系表明，随着序列相似性的增加，结构发散呈总指数下降，但在序列相似性较低(低于30%)时，这种关系不存在。在某些情况下，低序列相似性蛋白质既保留了折叠，也保留了广泛的生化特征和功能特性，这表明了进化上的联系。因此，基于结构的方法是研究蛋白质进化的一种有效方法。一些基于已知蛋白质三维结构的研究表明，两个序列相似性不显著的同源蛋白可能呈现共同折叠，并可能执行相似或相同的生化功能。现在，创造性蛋白质组的生物信息学家很自豪地告诉你，我们愿意帮助你蛋白质服务的结构进化分析!

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