真核生物的细胞被精心地划分成功能不同的膜结合室。真核细胞的主要成分有：细胞外空间、线粒体、细胞核、细胞质、高尔基体、核质、过氧化物酶体、细胞骨架、核仁、空泡、内质网、核糖体和核基质。

细菌也有蛋白质亚细胞定位，当细胞被分离时，亚细胞定位可以被断开。最常见的定位包括细胞质、细胞壁（革兰氏阳性细菌的细胞壁通常较厚）、细胞质膜（革兰氏阴性细菌的细胞内膜）和细胞外环境。大多数革兰氏阴性菌也有外膜和周质空间。与真核生物相比，大多数细菌没有膜结合的细胞器，但也有一些例外。蛋白质亚细胞定位是基于生物信息学的蛋白质功能预测和基因组注释的重要组成部分，可以辅助药物靶点的识别。

我们推荐亚细胞定位的原因包括：

• 亚细胞定位是了解蛋白质功能的重要环节，也是基因组注释的重要步骤。
• 在阿尔茨海默病和癌症等多种疾病的细胞中发现了蛋白质的亚细胞定位异常。
• 蛋白质亚细胞定位的知识可以极大地提高药物发现过程中靶点的识别。例如，由于质膜蛋白和分泌蛋白位于细胞外空间或细胞表面，因此它们很容易被药物分子获得。
• 细菌分泌的蛋白质和细胞表面也因其作为诊断靶点或候选疫苗的潜力而受到关注。
• 古细菌分泌的一些能够在恶劣环境中生存的蛋白质在工业上有着重要的应用。

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