跨膜蛋白(TP)是一种跨越其永久附着的整个生物膜的完整膜蛋白。许多跨膜蛋白是允许特定物质跨膜运输的通道。它们通常经历重大的构象变化以使物质通过薄膜。跨膜蛋白通常是聚合和沉淀在水中的多聚蛋白。这些膜蛋白需要非极性或洗涤剂溶剂提取，尽管其中一些也可以用变性剂提取。现在，创造性蛋白质组的生物信息学家很自豪地告诉你，我们愿意帮助你跨膜预测服务！
由x射线衍射确定的蛋白质结构中可见跨膜螺旋。它们也可以根据疏水性量表来预测。由于双分子层的内部和大多数已知结构的蛋白质的内部都是疏水的，因此可以推断，跨膜的氨基酸也必须是疏水的。然而，膜泵和离子通道包含大量的极性和带电残基在非极性跨膜段。利用疏水性分析预测跨膜螺旋可以反过来预测膜蛋白的“跨膜拓扑”;即预测它的哪些部分向细胞外突出，哪些部分向细胞内突出，以及膜蛋白链穿过细胞膜的次数。
由Creative蛋白质组学提供的信号肽预测服务中使用的方法包括：
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