混合线性离子阱轨道rap质谱是基于傅里叶变换的混合仪器之一，第一个质谱分析仪是线性离子阱(LIT)，第二个是高分辨率轨道rap。由于LIT本身是一个探测器，所以LIT-轨道阱组合可以用于MS和MSn实验。
为了利用Orbitrap分析仪的最高分辨率，必须考虑LIT和FT分析仪的数据采集时间。离子的捕获能力和LIT的高数据采集速度允许采集选定前体离子的MS/MS谱，而部分前体被转移到Orbitrap中进行精确的质量测量。
采用不同的碰撞方法，如电子转移离解(ETD)或电子捕获离解(ECD)，可以在不同碰撞能量下进行额外的碎裂。碰撞单元的产物通过C阱注入到轨道阱中，在那里收集瞬态信号用于后续的FT分析。
这种混合质谱的特点优点使它在以下工作中流行:
蛋白质组学:自上而下的分析、蛋白质ID、翻译后修饰(PTM)分析和定量蛋白质组学
代谢组学:无目标代谢组学，未知化合物的从头结构解释
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