在生物膜中，许多蛋白质在复合物中组合。创意蛋白质组学提供了一种通过2D蓝色天然/ SDS-PAGE分析全局分析这些蛋白质复合物的亚基的方法。在2D BN / SDS-PAGE分析中，通过蓝色天然聚丙烯酰胺凝胶电泳（BN-PAGE）在第一尺寸中分析样品，然后通过第2尺寸的SDS-PAGE分离，从第一维度是90度。
BN-PAGE提供了高分辨率分离蛋白质复合物的技术。蓝色天然电渗逻辑方案用于确定蛋白质复合物的尺寸，相对丰度和亚基组合物。蛋白质复合物在时间和空间中组织和维持细胞和细胞器，包括细胞开发和分裂，转录和翻译，呼吸和光合作用，转运和代谢。蛋白质复合物可能表现出部分和时间的变化，以及表现出不同的稳定性，使鉴定和分析非常困难。
在2D BN / SDS-PAGE分析中，蛋白质或蛋白质复合物样品在第一维BN-PAGE中的天然条件下分离。在BN-PAGE中使用了与所有蛋白质产生带负电并粘连的Coomassie蓝色染料。Coomassie蓝色不作为洗涤剂，它保留了蛋白质复合物的结构。另外，考马斯蓝的结合在电泳过程的堆叠步骤期间减少了蛋白质占聚集的趋势。因此，样品的电泳迁移率由结合的Coomassie蓝色和复合物的尺寸和形状的负电荷确定。
对于2D BN / SDS-PAGE，蛋白质和蛋白质复合物样品在通过BN-PAGE分离之前通过BN-PAGE在施加到第二尺寸SDS-PAGE凝胶之后通过SDS变性。
通过第一维BN-PAGE和第二维度SDS-PAGE的组合，由于第一和第二尺寸的线性凝胶中的梯度凝胶，单体蛋白在双曲线斜面中迁移，而蛋白质复合物的组分位于该对角线下方。代表相同蛋白质复合物的亚基的蛋白质可以在第二尺寸中的一个垂直线中找到，而水平线中相同蛋白质的几个斑点表示蛋白质在几个不同的蛋白质复合物中存在蛋白质。
2D BN / SDS-PAGE可以提供有关尺寸，数量，蛋白质组成，化学计量和样品的相对丰度的信息，并且已被证明是研究蛋白质复合物的有用工具。