将电泳分离的蛋白质从凝胶基质转移到膜上(通常是硝化纤维素或PVDF)，然后在膜表面进行基于抗体的检测，这种方法被称为Western Blot或Immunoblot。Creative Proteomics利用高度选择性和敏感的抗体-抗原相互作用，从复杂的蛋白混合物(如组织匀浆或细胞提取物)中检测特定的靶蛋白，提供western blotting分析。所得数据允许对感兴趣的蛋白质进行定性和半定量分析。
Western Blot是一种广泛应用的分析技术，用于检测组织匀浆或提取液样本中的特定蛋白。它利用凝胶电泳通过3-D结构分离天然蛋白，或通过多肽长度分离变性蛋白。分离出来的蛋白质被转移到膜上(通常是硝化纤维素或PVDF)，在膜上用针对目标蛋白质的抗体进行染色。Western Blot广泛应用于分子生物学、生物化学、免疫遗传学等分子生物学学科领域。印迹是将大分子转移到固定膜上进行特异性和敏感性检测的技术。
在Western Blot分析中，样品的蛋白质首先在凝胶电泳中分离等电点(π)利用SDS-PAGE和IEF等多种方法将这些因素组合在一起。通常采用SDS- page进行分离，因为所有的蛋白都被溶解并向同一个方向迁移，而且由于SDS的变性作用，表位更容易接近。
凝胶电泳分析后，蛋白质从凝胶内部移动到由硝化纤维素或聚偏二氟乙烯(PVDF)制成的膜上，以便于抗体检测。PVDF膜对蛋白质的结合能力高于硝酸纤维素，但硝酸纤维素对小蛋白质的结合能力更好。转移蛋白质的主要方法叫做电印迹法，即用电流将蛋白质从凝胶中拉入PVDF或硝化纤维素膜中。电泳转移有几种方法:槽式印迹法、半干式印迹法和半湿式印迹法。这三种材料的共同之处在于，凝胶和薄膜形成了一个三明治，两边都有一堆滤纸。需要注意的是，如果用等电聚焦分离蛋白质，则通过压力印迹扩散转移蛋白质的效率更高。在电印迹过程中，蛋白质从凝胶内移动到膜上，同时保持它们在凝胶内的组织。
印迹过程可能需要大约一个小时(半干印迹)到一夜(罐印迹)，在印迹过程之后，这些蛋白质被暴露在一个薄薄的表面层上，以进行抗体检测。此外，膜的自由结合位点被蛋白质混合物阻断，这不会干扰后续的抗体探测。这些蛋白质首先被一抗检测到，然后被二抗检测到，二抗识别这一特定的一抗。二抗与一组特定的分子结合，可以很容易地检测到，随后的开发程序具有高灵敏度。
最敏感的检测方法是使用增强化学发光(ECL):抗体-辣根结合物识别一抗;底物反应与二次反应耦合，产生一定时间的化学发光。这种光信号是通过在x射线胶片上曝光薄膜或将其放入一个绝对黑暗的柜子中，用灵敏的CCD相机记录信号而积累起来的。对于ECL的特殊变体，低至1 pg的蛋白带是可以检测到的。
Western Blotting可用于跟踪蛋白质磷酸化．一种能结合所有聚磷酸化蛋白异构体的抗体将在2D凝胶上显示出“串珠状”外观。Western Blotting也可用于识别由共免疫沉淀引起的复合物中已知和未知的蛋白质。一旦感兴趣的蛋白质在蛋白质印迹上被定位，相应的斑点就可以从复制的考马斯蓝染色凝胶上被切下来，并由女士．