GC-MS可以检测到哪些代谢产物?
答:GC-MS可以检测有机酸、氨基酸、单糖、糖醇、胺、脂肪酸、吲哚、单甘油酯、核苷、双糖、生育酚、甾醇等代谢产物。
据说气相色谱应该衍生化，这是所有气相色谱分析都要做的过程吗?
A:不，不是。挥发性物质的样品不需要衍生。衍生化分析的数据可以通过fiehn和NIST进行检索，但不进行衍生化只能检索NIST库。
LC-MS适合检测哪些代谢物?
答:大多数物质，如脂类、胆汁酸、氨基酸和核苷酸可以用LC-MS检测
质谱时如何选择正离子模式或负离子模式?
答:正离子模式或负离子模式的选择主要取决于化合物的性质，流动相环境影响分析的灵敏度。有些物质倾向于带正电，有些则倾向于带负电。例如，碱性化合物往往带有额外带正电的质子或其他带正电的离子。酸性化合物往往带负电荷，失去质子或加入其他带负电荷的离子。
含有羧基和磺酸基的物质一般可以在负离子模式下使用，因为它们在一般条件下可以电离成R-COO-和R-SO3-。在酸性流动相中，例如低于pH值3，羧酸盐不能很好地电离成负离子。此时负离子监测灵敏度降低，而磺酸根酸性较强，仍可被电离。
目前，正离子模式一般使用较多。由于色谱柱的性质，流动相一般处于酸性侧(pH 2-8)，常用ESI离子源。在酸性条件下，大部分极性较强的化合物可以加入和氢离子形成正离子，如类黄酮、脂类、糖等，不需要氮。负离子模式通常相应地比正离子模式小一个数量级。
因此，在实践中，需要根据实际情况条件进行选择，或者两种模式都可以应用。
如何获得更可靠的代谢组学结果?
A:毛坯的TIC可以用来看柱上是否有以前工程的残留物，仪器是否清洁。QC可用于测量仪器的稳定性，进行批间校正，并筛选特征。
我是否需要为目标检测添加内部标准?
答:常用的定量方法有外标法和内标法。外部标准方法不添加内部标准。内标法要求添加内标，最好添加稳定同位素内标。
基峰图(BPC)和总离子流图(TIC)之间的区别是什么?
答:基峰是指在质谱图中，在一定的质荷比下，最强离子的峰。
基峰色谱图(Base Peak chromatography, BPC):在质谱计中依次描绘每个时间点上最强离子的强度而得到的色谱图。
总离子流色谱图(TIC):在选定的质量范围内，所有离子的强度与时间或扫描次数的总和。
TIC和BPC都是样本整体信息的反映。一般来说，BPC图比TIC图更美观，所以在文章中经常使用。但也有学者认为BPC图并不能真实反映样本情况，因此不接受BPC，只接受TIC。
为什么在实验中A物质的含量明显大于B物质，而在代谢组学数据中B物质的信号强度却明显大于A物质?
答:由于不同物质具有不同的分子结构和性质基团，不同物质在质谱中的电离效率、信号响应强度等参数不同，最终导致不同物质的质谱检测效率差异较大。因此，代谢组学定量结果的比较仅适用于同一物质在不同状态(实验/对照)下的比较，而不适用于同一实验状态下不同物质的比较。
在找到差异代谢物后，如何验证该代谢物的功能?
答:首先进行定性和定量验证。我们使用三重四杆进行目标验证，以获得绝对的定量信息。然后通过代谢途径分析差异代谢物属于哪个调控途径。可以对该途径上的分子进行功能验证。此外，还可以添加其他组学数据，如转录组和蛋白质组，相互补充。
