如果我选择MALDI-TOFTOF进行蛋白质鉴定，我需要多少样本?
答:如果样品是染色的2D凝胶点或肉眼可见的条带，则可以保证良好的成功率。或者，如果样本大于200 fmol(或10 ng的50 kDa蛋白质)，成功率就高。对于溶液或冻干样品，至少需要100纳克的蛋白质含量。
2-DE用银染法进行蛋白斑点鉴定。哪些银染试剂会影响后续的质谱分析?
答:银染试剂中不要使用戊二醛，戊二醛会修饰蛋白，影响后续蛋白鉴定。
纯化蛋白要做胶条磷酸化鉴定，为什么鉴定到这么多杂质蛋白?
答:质谱的灵敏度非常高，在实验环境中没有办法避免蛋白质污染。当样品中目标蛋白含量较低时，杂质蛋白突出显示。这通常是角蛋白污染，一般建议只删除杂质蛋白。
如何减少角蛋白污染?
答:角蛋白的污染主要来自头发和皮屑。因此，在实验和切胶过程中，应戴手套和头套。
我需要结合胶水点吗?
答:对于曲样，一个肉眼可见的胶点就足够了。对于银染色的样品，建议将4个单独的斑点组合在一起。但是，总的来说，我们建议用LC-MS-MS来鉴定银染样品。
样品可以保存多长时间?
答:我们建议立即储存新制备的样品以进行质谱分析。银渍样品应至少保存2个月。样品可以保存几个月以上，但最好不要超过6个月。
你们接受消化过的样品吗?除了胰蛋白酶，你还用其他酶进行酶消化吗?
答:我们不接受已经消化的样品，因为我们有严格的消化内部QC控制，要求我们进行消化。通常我们会选择一种胰蛋白酶进行酶解，如果您需要其他酶进行酶解，请提前与我们联系。
如何进行小分子量蛋白质的鉴定?
答:一般来说，如果分子量范围在20kDa以上，我们推荐MALDI-TOF/TOF进行鉴定。如果低于20kDa，我们建议LC-MSMS进行鉴定。
将凝胶点鉴定结果与跳动双向蛋白质图谱进行比较，发现一些蛋白质得分最高的点的分子量或等电点与图谱上的分子量或等电点不对应，差异显著。在这种情况下，如何在胶点给出的几个甚至十几个点蛋白中确定哪个蛋白具有最高的置信度?
答:通过蛋白质分析鉴定的一些蛋白质可能是目标蛋白质的同源物或该蛋白质的一个亚基。蛋白质的人为或自然的修饰或降解可以影响蛋白质在牙龈图中的位置。
总体而言，吉祥物识别得分越高，说明信心水平越高。它还可以与分子量、等电点、肽覆盖率等信息相结合，以高可信度筛选蛋白质。
初级质谱和次级质谱有什么区别?如何选择?
答:初级质谱鉴定方法主要是指肽指纹(PMF)。它使用质谱法准确测量酶片段的分子量，并搜索文库进行比较，以实现蛋白质鉴定。
二次质谱是在一次质谱的基础上，选择一些肽段进行进一步的片段破碎，并对片段进行深入的分析和比较，以确定肽段的序列，并结合PMF的结果实现蛋白质鉴定。
二次质谱是蛋白质鉴定的大趋势，即使现在做了一次质谱的结果，也需要选择一些PMF的结果进行二次质谱验证。
如果被研究的物种不是模式生物呢?
答:通过参考最近的相关模式生物，可以成功鉴定该蛋白。如果质谱良好，没有鉴定结果，则这是一种新型蛋白，可以通过de-novo测序等技术进行深入分析和鉴定。
我应该如何评估质谱分析的有效性?
答案:PMF通常得分超过60 (p<0.05)作为成功的识别。对于串联质谱，得分超过60或至少有一个得分超过30的肽被认为是成功的。
凝胶可以长期保存吗?它应该如何保存?对鉴定结果有影响吗?
答:如果储存时间超过一个月，可以用保鲜膜包起来放入冰箱。如果时间小于一个月，可以室温保存，不会影响质谱结果。
