蛋白质测序对蛋白质活性有要求吗?
答:蛋白质测序不需要维持蛋白质的活性，因为蛋白质的功能不需要研究。
SDS凝胶上的条带可以被切断并发送到质谱测序吗?
答:是的。为了提高鉴定的准确性，需要选择合适的凝胶浓度分离目标蛋白条，并尽量在目标蛋白附近运行蛋白条。
SDS蛋白带是否太薄，不利于蛋白质鉴定?
答:一般情况下，用肉眼可见的蛋白条带对KOMAS和SYPRO Ruby染色的蛋白条带进行测序就足够了。
如果切断的SDS蛋白条带可能包含多个蛋白条带怎么办?
答:如果切下的蛋白质条带包含多个蛋白质条带，可以对其进行分析，进行蛋白质鉴定，然后通过比较数据来推断蛋白质序列。事实上，SDS-PAGE凝胶分离后切割的蛋白条带大多含有一种以上的蛋白质，这些复杂蛋白质的鉴定可以通过色谱-质谱串联鉴定来完成。
Western blot的结果可以用于蛋白质测序吗?
答:Western blotting后可以进行蛋白质测序。您可以将western blotting结果与SDS-PAGE凝胶进行比较，找出相应蛋白条带在SDS-PAGE凝胶上的位置，然后切断蛋白凝胶进行质谱分析。如果蛋白量足够大，纯度足够高，可以直接切断PVDF膜上的蛋白条进行n端测序。
在蛋白质样品制备过程中需要注意什么?
答:质谱法鉴定蛋白质样品的灵敏度高。在此过程中引入的痕量外来污染蛋白也很可能通过质谱鉴定出来，这对蛋白质测序结果的准确性有重大影响。因此，在质谱样品制备过程中，应使用清洁和无污染的容器;应使用质谱鉴定纯度等级的试剂;应使用新鲜配制的溶液，并应戴上手套和帽子，以避免样品被角蛋白污染。
各种类型的蛋白质测序样品的制备要求是什么?
答:通常，对于SDS-PAGE凝胶分离的蛋白质样品，用KOMAS和SYPRO Ruby染色的蛋白带与质谱鉴定相容性良好。然而，对于银染蛋白，戊二醛不能用作固定剂，这将影响后续的质谱分析。此外，蛋白质干粉和蛋白质都可以进行样品测序。如果蛋白质溶液的浓度很低。在样品制备过程中，要尽量减少SDS等表面活性剂的使用，注意降低盐的浓度，这样可以相应地提高蛋白质鉴定的准确性。
Edman降解测序能确定含有大约130+氨基酸的未知蛋白质吗?
答:130个氨基酸序列比较长，超出了蛋白质Edman测序的限制。建议使用de novo测序来确定蛋白质序列。蛋白质从头测序不需要任何蛋白质数据库，可以对任何蛋白质进行测序，包括突变蛋白、生物修饰的非天然蛋白等。
是否有一种高纯度蛋白质样品的快速测序方法?
答:可以通过识别蛋白质的肽质量指纹(PMF)来快速确定蛋白质测序。每个蛋白质的序列都是特定的，通过特定的酶裂解产生的肽的质量也是一定的。因此，通过测量蛋白质消化后产生的肽的质量剖面，然后将其与数据库中消化蛋白质的理论肽剖面进行比较，可以利用这一特性来推断蛋白质的序列。
