糖基因芯片是一种聚焦的寡核苷酸芯片,包含所有克隆的糖基因。筛选和检测糖基结合蛋白、糖基转移酶、糖基水解酶、碳水化合物转运蛋白等糖基相关基因的转录和表达水平变化是一项非常重要的技术。它允许在高度注释的定制基因微阵列上分析RNA样本。糖基因芯片是使用Affymetrix技术开发的。它包含用于监测大约2000个人类和小鼠转录本表达的探针集,也可以定制设计。
图1所示。人与小鼠甘氨酸相关基因研究综述
糖基因芯片的构建与常规基因芯片的构建相似。从目前可用的序列数据库中选择有代表性的糖基因并用于微阵列。通过严格的选择标准,包括最小的二级结构,与现有人类基因组数据库中其他基因的最小同源性,无低复杂性或重复区域,以及所有具有相似和明确定义的Tm,以在微阵列上的所有寡核苷酸中提供最佳的杂交效率。这些最佳的寡核苷酸是通过在每个寡核苷酸上添加连接剂单独合成的,然后以共价连接在玻片中打印。提取目标RNA并用荧光探针标记,然后杂交到微阵列上的每个点。结果是定量的高分辨率共聚焦激光扫描仪。利用糖基因芯片技术,可以同时测量与糖缀合物生物合成和降解相关的所有基因。
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