黑色素瘤非常危险，患者的病情会迅速恶化。可用的有效药物很少，治疗效果也很差。据统计，伴有淋巴转移的黑色素瘤患者5年生存率仅为24% ~ 70%，伴有远处转移的黑色素瘤患者5年生存率不足10%，且黑色素瘤往往无法治愈。虽然黑色素瘤通常比其他类型的癌症更容易早期发现，但它极有可能扩散或转移到身体的其他组织/器官。
蛋白质组学是研究黑素瘤的关键工具，黑素瘤是一种以侵略性行为和预后不良而闻名的皮肤癌。通过使用高通量技术，如二维凝胶电泳和质谱，研究人员可以分析黑色素瘤细胞和组织的蛋白质表达谱。这些信息对于揭示黑色素瘤生物学的新见解至关重要，包括鉴定新的治疗靶点和生物标志物。例如，黑色素瘤的蛋白质组学分析导致了新的药物靶点的发现，例如编码蛋白质B-Raf的基因，这种基因在黑色素瘤中经常发生突变。此外，黑色素瘤组织的蛋白质组学分析揭示了早期检测和疾病进展的新生物标志物，以及对治疗反应的潜在预测因子。这些发现对黑色素瘤患者开发更有效和个性化的治疗方法具有重要意义。
病例1:早期AD特征蛋白的蛋白质组学筛选（1）
免疫疗法为转移性黑色素瘤患者的治疗策略带来了重大变化，目前有7种fda批准的免疫疗法用于黑色素瘤的临床治疗。与其他癌症相比，黑色素瘤更有可能提高患者的存活率，部分原因是其更高的突变负荷。免疫治疗采用检查点抑制剂(如PD-1)和TIL(肿瘤浸润淋巴细胞)免疫治疗已显示出良好的治疗效果，但仍有近50%的患者对免疫治疗无反应或不敏感。
作者在蛋白质组学水平上进行了详细而全面的分析，选择了42例接受TIL治疗的患者和74例接受PD-1治疗的患者。使用上述患者的FFPE样本进行深度蛋白质组学分析。
蛋白质组学工作流程包括从FFPE组织中提取蛋白质并与超silac标准物混合。
差异蛋白的KEGG通路分析和二维注释富集分析显示，两种免疫疗法的富集程度相对较小。免疫治疗应答者以代谢相关蛋白为主，而无应答者以剪接体、rna代谢相关蛋白为主。此外，这两个数据集在应答者中都有更高比例的抗原呈递相关蛋白，以及在黑色素瘤免疫治疗应答中起重要作用的信号通路相关蛋白(如MAPK、NF-kB和RAS信号通路)。
抗pd -1和TIL治疗应答者和无应答者中差异蛋白的功能注释
随后，使用WGCNA(加权基因相关网络分析)分析功能决定因素与临床参数之间的对应关系。对接受两种治疗的人群(无治疗，只有反应和无反应)的数据进行综合分析显示，差异蛋白与抗原呈递、IFN和线粒体代谢调节有关。对不同免疫疗法有反应和无反应的患者有自己的指征蛋白(TIL为8个，PD-1为5个)，这些与无进展生存期密切相关。
病例2阿尔茨海默病脑大尺度深度多层分析（2）
使用Olink血浆蛋白质组学工具，马萨诸塞州总医院的研究人员在三个时间点对174名接受ICB治疗的转移性黑色素瘤患者进行了血浆蛋白质组学分析(bbb700蛋白)。该研究利用独立的发现和验证队列来建立优于基于组织方法学的免疫治疗反应预测因子组合。
在ICB应答者(responders, R)和无应答者(non-responders, NR)之间鉴定了217种差异表达蛋白，包括在一些NR患者中富集的共调节蛋白模块。通过分析32例患者肿瘤活检的单细胞RNA测序数据，解决了肿瘤细胞对循环蛋白的相对贡献。共调控NR模块中的大部分蛋白来源于肿瘤细胞和髓细胞。在髓系细胞中，研究人员发现了一组具有抑制表型的肿瘤相关巨噬细胞(tam)，它们高水平表达协同调节NR模块，因此表明它们是无反应的关键驱动因素。总之，这些数据证明了血浆蛋白质组学在发现生物标志物和理解生物体对肿瘤反应的生物学方面的效用，并可用于指导ICB黑色素瘤临床治疗中的患者分层，以便早期确定药物适当的组/个体以精确给药。
随着时间的推移，接受ICB治疗的黑色素瘤患者具有独特的治疗相关的炎症血浆蛋白模式。
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参考文献
- 哈雷尔，迈克尔，等。“黑色素瘤对免疫疗法反应的蛋白质组学揭示了线粒体依赖性。”Cell 179.1(2019): 236-250。
- Mehta, Arnav等。血浆蛋白质组学生物标志物识别无应答者并揭示pd - 1阻断后黑色素瘤患者肿瘤微环境的生物学见解。