- 服务细节
- 案例研究
元法学系统生物学积分集中分析生物体内所有小分子代谢物的质和量分析建立代谢物与生理或病理变化之间的相对关联研究对象通常是小分子,分子重小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小小
代谢物常被视为生物型最直接反射物,被视为连接基因型和pheno型的桥梁代谢水平变化可直接揭开基因功能,对生化和分子机制提供更有效的深入了解理解代谢物综合、调控和生理函数至关重要
质谱学核磁共振平台进步 并开发基因组排序技术代谢学结合基因组学组成代谢基因组-Wide协会研究这种方法可以更快更精确地发现物种型基因机制
mgWAS是什么
mGWAS使用全基因排序技术获取的基因型数据,并结合通过质谱法等方法获取的代谢数据,以全基因组综合关联分析基础代谢法这种方法帮助识别候选基因规范代谢物,探索相关代谢路径规范苯型,加深理解控制代谢合成的遗传机制
以代谢物为基础的MGWAS目前发现在研究动物和植物方面应用广度混合代谢基因分析后发现数以万计候选原地或基因除说明植物代谢遗传机制外,MGWAS还促进功能基因组研究研究者越来越多地使用MGWAS发现动物和植物代谢物的遗传和生化基础,为研究疾病机制提供新洞察力mGWAS目前用于调查各种疾病(如癌症、肥胖症、心血管病、糖尿病、抑郁症和阿尔茨海默氏病)和动物植物遗传机制(如番茄、棉花和玉米)。
mGWAS技术服务以创用CC2技术服务项目为长,
mGWAS技术原理
mGWAS使用小模块化物代表代谢特征或某些农业生产率特征不同种类和组织代谢物类型和数量大相径庭,第二代排序技术用于从人口材料获取基因型数据数据与代谢数据并发,以基于代谢物进行全基因组关联分析这种方法有助于同时识别可调节代谢物的候选基因,探索相关代谢路径管理产物、质量和环境响应等特征,加深理解控制植物代谢合成的遗传机制有效消除基因组学和pheno类型间的差距
mGWASVSGWAS
| 方法论 | 原理性 | 特征学 | 摘要 |
|---|---|---|---|
| 全谱元数+重排序 | 进行代谢数据关联分析 从组同peno类型和group | 多样性代谢类型和内容显示不同种类或个体差异极大,并有丰富的数据(千多代谢物)。 | 更多物型数据导致更多基因本地化可量化倍型分析更精确量化,更精确定位SNP位置大数据尺寸提高检测稀有SNPloci的可能性 |
| 传统pheno类型+重排序 | 收集一组样本型信息并分析同类型关联 | 传统pheno类型包含较少类型并难量化,受环境极大影响 | 相对较少基因识别,本地化效果较弱多基因可同时连接,难分辨初级有效基因 |
工作流
服务内容
创用proteomics拥有高性能测序和质谱平台,并拥有高通量测序场多产品,提供灵活智能传输平台综合科学服务覆盖基因组学、词组学、脑组学、转基因学、单细胞生态学、原型学、代谢学等从样本准备到MGWAS分析等全局化方法为研究人员服务,同时提供多组化联合分析,如GWAS、TWAS、eGWAS,以满足客户标准化和个性化分析需求
| 项目名称 | 测试内容 | 数据分析 |
|---|---|---|
| 非目标元法 | 综合剖析代谢物 |
|
| 非目标利皮科 | 油脂综合剖析 | |
| 定点元法 | 具体目标代谢物 | |
| GWAS系统 | GWAS技术服务 |
服务优缺点
综合代谢技术:我们先进代谢技术覆盖广泛的代谢剖析学,包括非目标代谢学(能检测多达1000种代谢物)、脂质学和各种定向代谢法多种多样技术满足各种研究项目的具体需求
mGWAS方法的优缺点:MGWAS研究中代谢物作为量化特征分析基因组变异mGWAS的长处来自高可检测代谢物数(从300到1000不等),其富集度有显著变化(从10到10 000倍不等),以及所显示的强遗传效果(解释40%以上变异性)。结果MGWAS结果超过使用传统字面特征实现的结果
样本需求
| GWAS样本 | 样本类型 | 样本需求 | 样本存储/传输条件 |
|---|---|---|---|
| gDNA样本 | 集中度>50ng/ul全数>1ugOD260/280介于1.7-2.0间无严重退化 | 20摄氏存储器避免重复冷冻循环/低温运输带冰盒 | |
| 血样样本 | 卷>0.5m推荐使用EDTA抗coa避免透析 | ||
| 盐水/Swab | 盐卷lswabs2棉网新鲜样本优先 | ||
| 组织/ell样本 | 组织样本>100mg细胞样本>1x10 | ||
| 元法样本 | 样本类型 | 样本需求 | 样本存储/传输条件 |
| 血清或等离子样本 | 200ml/sample无沾染不透析避免重复冷冻周期 | 收集后存储-80摄氏度 | |
| 尿液样本 | 200ml/sample无沾染避免重复冷冻周期 | ||
| 脑流水 | 300ml/sample避免重复冷冻周期 | ||
| 组织 | 100 mg/sample无沾染避免重复冷冻周期 | ||
| 工具类 | 5-10g/sample无沾染避免重复冷冻周期 |
多组分析398狐尾小米增生与内化、Metbolite轨迹和反炎效果关联的基因组区域
日志:分子厂
撞击因子:21.949
发布日期:2022
Foxtail小米取自野生绿尾草家化,不仅因其高营养含量,还因其药用特性而备受珍视然而,狐尾小米的遗传机制仍不明朗研究中共雇用398只狐尾小米自然群落进行多组联合分析,包括全基因重序分析、转录组学和代谢学分析发现数以百计与自然变异相关代谢物,显示代谢物自然变异和遗传结构在不同狐尾小米子群间有显著差异
mGWAS综合分析全基因组研究体外细胞炎测试显示狐尾小米83代谢物有防炎特性本研究阐述了遗传机制驱动代谢物定向变换法内化狐尾小米,为提高遗传基础营养值打下基础
mGWAS和TWAS综合分析识别代谢物和与种子大衣颜色有关的基因
引用
- 梁氏、刘氏、王特、李氏、成J、赖J、秦斐、李氏、王氏和江市2021年Metologics驱动基因挖掘和遗传改善对玉米盐诱雾压力的容忍新建药片.23023552370
- 高通理学士高通理学士高通学士高通学士高通学士高通学士高通学士高通学士高通学士2022年多组分析398狐尾小米进化显示基因组区域与内化、代谢特性和防炎效果相关模尔植物类.15,1367-1383
- 张易市 沈昆市 冷龙市 张德市 陈西市 石英市 宁氏市 陈西市初始稀释药草Perilla纳特通信.202191712(1)5508
